一、几种海洋贝类基因组DNA的提取（论文文献综述）
肖雨诗[1]（2021）在《功能化磁性纳米材料制备及其在副溶血性弧菌和儿茶酚快速检测中的应用》文中研究说明磁性纳米材料（Magnetic nanomaterials,MNPs）是一种兼顾纳米材料优势和磁性材料优势的新型材料。MNPs广泛应用于生物医药、安全检测、航天军事、信息技术等领域,因其造价低、原料易获取和易量产等优点,被认为是一种最具“前景”材料。快速检测技术具有检测速度快、成本低等特点,在水产品质量安全监管工作中应用前景广阔。本研究开发制备了三种新型功能化的MNPs,并将其应用于水产品中副溶血性弧菌（Vibrio parahaemolyticus,VP）及养殖水体中儿茶酚（Catechol,CC）的快速检测技术中。通过研发具备DNA提取能力的新型MNPs,利用DNA磁提取与PCR技术,建立用于水产品中VP的快速检测方法,为VP快速筛查提供了新思路;通过修饰改造MNPs,并将其与微列阵叉指电极相结合,构建了磁性贵金属生物酶传感器和磁性MOF仿生酶传感器两种新型高灵敏度传感器,实现了对养殖水环境中CC残留的高灵敏检测,为改善养殖水体环境提供了新的解决办法。本论文研究内容和结果如下:（1）本研究开发建立了一种铁基MNPs的制备方法,通过本方法制备得到了磁性纳米Fe3O4,并以磁性纳米Fe3O4制备为起点开发建立功能化的MNPs。通过碱性共沉淀法制备磁性纳米Fe3O4,研究不同碱源和不同溶剂比例对产物的影响。结果表明:以氨水为碱源,在三价铁离子与二价铁离子比例为2:1,乙醇和水比例为1:1的反应体系条件下,可制备出形貌均一分散的磁性纳米Fe3O4,其粒径约为15 nm,饱和磁化强度约为47.27 emu·g-1。本研究建立的磁性纳米Fe3O4快速制备方法为后续MNPs的功能化研究奠定了坚实的基础。（2）通过研究硅功能化MNPs（Fe3O4@Si O2）快速提取DNA的方法,建立了DNA磁提取平台,通过DNA磁提取与PCR技术联用实现了水产品中VP的快速筛查。研究了Fe3O4@Si O2形貌结构及DNA提取体系对VP基因组DNA磁提取效率的影响,在最佳实验条件下对牡蛎等水产品开展了VP筛查。结果表明:当提取体系p H为5.0,Fe3O4@Si O2粒径105.89 nm,二氧化硅层厚度25 nm时VP基因组DNA磁提取效率最高。此条件下,Fe3O4@Si O2表面光滑、分散性良好、饱和磁化强度为17.58 emu·g-1,在磁场的作用下10 s即可完成DNA与杂质的分离,VP基因组DNA提取率高达80%;采用DNA磁提取与PCR联用技术完成了92份水产品中VP的检测,检出阳性样品17份,此技术与VP国标（GB4789.7-2013）检测法相比,检测用时由一周缩短至6 h,极大地提高了VP的检测效率。（3）搭建了一种以酪氨酸酶（Tyrosinase,tyr）为识别模块,贵金属修饰的MNPs（Fe3O4@PVP@Au）为增敏模块,叉指电极为载体,电化学工作站为检测系统的磁性贵金属生物酶传感器,通过该传感器实现了对养殖水体中CC残留的快速检测。研究了叉指电极和Fe3O4@PVP@Au的制备方法及内部结构;验证了纳米金和磁场高度对传感器灵敏度的影响;测试了传感器工作的稳定性。结果表明:本研究成功制备了Fe3O4@PVP@Au和叉指电极;纳米金通过改善叉指电极导电性将传感器灵敏度提高1倍;磁场通过改变Fe3O4@PVP@Au在叉指电极表面的排列方式提高传感器灵敏度;在最佳磁场高度（250μm）条件下传感器灵敏度提高了23倍;此条件下对加标养殖水样进行检测,该传感器线性范围为5～100μmol·L-1,最低检出限为44.6 nmol·L-1,同时该传感器重现性好,可反复测试50次。本研究搭建的磁性贵金属生物酶传感器检出限低,检测耗时短,重现性好,为实现养殖水体中CC残留的快速检测提供了强有力的支持。（4）搭建了一种以磁性仿生酶为识别和增敏模块,叉指电极为载体,电化学工作站为检测系统的磁性MOF仿生酶传感器。通过该传感器实现了对养殖水体中CC残留的现场检测。研究了磁性MOF仿生酶的制备方法和内部结构,验证了MOF仿生酶的识别性能,探明了磁性MOF仿生酶的增敏机制,在传感器最佳参数条件下,完成了加标养殖水样的检测。结果表明:本研究成功制备了可以催化氧化CC的磁性MOF仿生酶（Fe3O4@MOF）;MOF通过提供叉指电极表面电子转移通道,将信号强度提高15倍;磁场通过改变磁性MOF在叉指电极表面的分布,将信号强度提高10倍。在传感器最佳参数条件下,检测加标养殖水样,此传感器在10～50μmol·L-1范围内保持良好线性关系,最低检测限为74.4 nmol·L-1,同时此传感器稳定性好,21天内检测灵敏度不会降低。此传感器克服了生物酶易失活的难题,能更好适用于养殖水体中CC的现场快速检测。
张天琦,刘平平,吕佳,马岑,黄晓文,张嘉俊,王师[2]（2021）在《高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价》文中提出本研究建立了一种高效、经济的非损伤性扇贝DNA提取方法,在不影响扇贝个体生存状态的前提下,采用擦拭法和室温裂解相结合的方式在20 min内即可获得个体基因组DNA。以虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）、栉孔扇贝（Chlamys farreri）和海湾扇贝（Argopecten irradians）为实验对象,研究了不同擦拭材料（棉签、滤纸）和不同擦拭部位（外套膜、鳃丝、内脏团）的核酸提取效果,评估了本方法在贝类基因分型领域应用的可行性。研究表明,用棉签、滤纸2种材料擦拭扇贝的鳃丝、内脏团或外套膜组织均能获得主带清晰完整的基因组DNA,且不影响扇贝的存活状态。在3种扇贝中采用棉签擦拭法的DNA得率均高于滤纸法,以这2种方式获得的DNA为模板进行SSR和SNP标记分析,能获得均一稳定的扩增条带,SSR标记分型结果准确可靠。本研究建立了简便、快速进行扇贝基因型分析的非损伤性DNA提取方法,为贝类全基因组选育和珍稀贝类资源的种质保护开发提供了新的技术手段。
张凤梅,连姗姗,刘思诺,胡乃娜,陈晓妹,王师[3]（2020）在《双壳类软体动物贝壳DNA高效提取及方法学评价》文中研究指明通过对虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）、栉孔扇贝（Chlamys farreri）、牡蛎（Crassostrea gigas）和侏儒蛤（Mulimia lateralis）4种双壳贝类进行壳DNA提取实验,本研究提出一种适用于双壳类软体动物贝壳DNA提取方法。首先用EDTA（15%）脱钙液对贝壳进行预处理去除表面的杂质,经PBS缓冲液（4×）清洗后放入37℃烘箱30 min,称取重量为1 g的壳放入液氮中冷却后使用中通量组织研磨仪研磨成粉末,分装到2 mL离心管中,加入裂解液后在56℃、200 r/min条件下裂解3 h后,常温下12 000 r/min离心10 min得到上清液,加入无水乙醇和醋酸钠沉淀DNA。经微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳分析和全基因组重测序比对分析来评价提取到的基因组DNA质量,结果显示该方法可获得完整性好的高质量DNA。本研究提出的贝壳DNA提取方法操作简单、快速,且成本低,为双壳贝类的遗传分析提供了一种方法,本方法在贝类遗传学和分子育种研究中具有广阔的应用前景。
陈振帆[4]（2019）在《秦皇岛近海“褐潮区”微型和微微型浮游植物种类组成与动态变化研究》文中研究指明自2009年起,渤海秦皇岛近岸海域每年夏季都会暴发大规模褐潮（Brown tide）,养殖贝类的摄食受到强烈抑制,出现大规模滞长和死亡等现象,造成了巨大的经济损失。褐潮暴发时,微型和微微型浮游植物占主要优势,但目前对其组成和变化规律的认识仍有不足,不利于阐明褐潮发生机制,亟待开展研究。随着DNA测序技术的进步,扩增子高通量测序法在解析微型和微微型浮游植物多样性方面表现出明显优势。本研究对扩增子高通量测序方法进行了优化,并利用该方法,对秦皇岛近岸海域“褐潮区”前后近3年的浮游植物样品进行了分析,较为系统地研究了秦皇岛近海微型和微微型浮游植物的种类组成与动态变化情况,得到如下结果和科学认识:1.通过对美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information,NCBI）数据库中三个高通量测序目标靶区已有序列的生物信息分析和野外浮游植物样品的DNA提取和测序分析,对海洋浮游植物样品的高通量测序方法进行了优化,明确了扩增子高通量测序的靶序列,确定了浮游植物样品中基因组DNA的提取方法。基于NCBI数据库中的序列信息,以及对同一浮游植物样品的核糖体18S rDNA V1V2、V4和V9三个靶区高通量测序结果的对比,分析了三个靶区对不同浮游植物种类的分辨能力。结果表明,V1V2、V4和V9区对不同种类浮游植物的分辨能力存在差别。V1V2区和V4区进化速率适中,对有害藻华原因种分辨能力较强,但V1V2区无法准确分辨褐潮原因种抑食金球藻。V9区与V4区相比过于高变,许多物种的序列信息互相交错,无法准确区分,在种水平上鉴别浮游植物的能力较低。考虑NCBI数据库18S rDNA V4区参考序列数量较多,且对常见有害藻华原因种具有较强的区分能力,因此,本研究选用18S rDNA V4区作为浮游植物样品高通量测序的目标靶区。同时,针对室内构建的模拟浮游植物样品和自胶州湾采集的野外浮游植物样品,从提取基因组DNA的浓度、纯度和完整性三方面,对比分析了CTAB法、SDS法和Sucrose法三种基因组DNA提取方法的优劣,结果表明CTAB法更适用于海洋浮游植物样品基因组DNA的提取。2.通过对20132014年度秦皇岛近海“褐潮区”浮游植物样品的高通量测序分析,揭示了褐潮区浮游植物群落的种类组成与动态变化特征,进一步确认了抑食金球藻是秦皇岛近海褐潮的主要原因种。本研究分别于2013年和2014年褐潮暴发期间,在褐潮区采集微型和微微型浮游植物样品22个,采用高深度的扩增子高通量测序方法对18S rDNA V4区进行了测序分析。平均每个样品获得有效数据超过20万条,发现了超过2,000个微型和微微型浮游植物的OTU（Operational taxonomic unit）,分属硅藻、甲藻、海金藻和绿藻等17个浮游植物类群。2013年和2014年褐潮暴发前后浮游植物优势类群的演替过程相似,褐潮暴发前的优势类群为甲藻、青绿藻、隐藻和硅藻,至褐潮暴发时海金藻成为第一优势类群,褐潮暴发后优势类群趋于多样化,主要包括甲藻、海金藻、金藻、隐藻和青绿藻等。褐潮发生时,抑食金球藻的OTU相对丰度均超过50%,进一步确认了抑食金球藻是秦皇岛近海褐潮的主要原因种。对比两年度的调查结果,发现2014年褐潮暴发时间比2013年提前了约一个月,而且2014年甲藻类在物种数和相对丰度上比2013年都更具优势。通过计算抑食金球藻与其他浮游植物之间的皮尔森相关系数,发现了许多与抑食金球藻具有相关性的OTU,其中一些属于稀有OTU（相对丰度<0.01%）,为进一步揭示褐潮成因提供了新的视角。3.自秦皇岛近海成功分离培养了一株抑食金球藻,通过多种手段进行了藻种鉴定确认,基于对中、美两国分离培养的多株抑食金球藻DNA序列分析和野外浮游植物样品的高通量测序结果,发现抑食金球藻存在遗传多态性。使用梯度稀释法,于2015年在秦皇岛近岸海域成功分离得到一株抑食金球藻藻株（MEL50）,并通过挑取单细胞方法分离得到了一株单克隆培养株MEL51,基于形态学特征、色素组成和DNA序列等证据进行了藻种的鉴定确认。针对MEL50、MEL 51以及美国抑食金球藻CCMP 1984和CCMP 1850四个藻株,构建了克隆文库,获得了核糖体18S rDNA V4区、28S rDNA D1D2区和ITS区的序列信息,分析结果表明抑食金球藻核糖体基因存在多态性,V4区更适合作为靶区进行抑食金球藻遗传多态性分析。针对18S rDNA V4区进行的浮游植物样品高通量测序结果表明,秦皇岛近岸海域的抑食金球藻在V4区存在多个基因型,中国株系MEL50和美国株系CCMP1984和CCMP1850都属于基因型I。综上,本研究采用扩增子高通量测序方法,分析了2013年和2014年秦皇岛褐潮区微型和微微型浮游植物组成及其动态变化情况,进一步确认了抑食金球藻是秦皇岛近岸海域褐潮的主要原因种,挖掘并分析了与抑食金球藻相关的藻种。通过比对中、美两国抑食金球藻藻株的核糖体rDNA部分序列信息,以及对秦皇岛近海浮游植物样品的高通量测序结果,揭示了抑食金球藻的遗传多态性,为深入探索秦皇岛近海褐潮成因提供了基础依据。
郑军红[5]（2019）在《文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用》文中研究指明文蛤（Meretrix petechialis）是一种具有重要经济价值的海洋双壳贝类,但由于过度开发和栖息地破坏,其种群数量已大大减少。文蛤的种质资源保护对于自然资源的可持续发展至关重要。近年来,随着研究的不断深入,生物遗传多样性无论对于物种的保护还是开发、利用,都有十分重要的意义。本实验将通过以下几方面的研究了解文蛤的遗传背景,比较文蛤不同地理群体的遗传多样性和不同壳色间的遗传差异,为文蛤种质资源的研究与品种选育工作提供理论基础和科学依据。本研究从文蛤EST数据库中开发了10个多态性微卫星标记（EST-SSR）,并在文蛤中进行了遗传特征分析。微卫星位点的等位基因数范围为4-30,平均每个微卫星位点等位基因数为10.9个。观测杂合度和期望杂合度分别在0.100-1.000和0.538-0.973之间变化,平均为0.713和0.750。PIC值介于0.423（Mmt09）至0.956（Mmt47）之间,平均值为0.695。利用9个微卫星位点与3个亲缘关系相近的物种（薪蛤、等边浅蛤、琴文蛤）进行了跨物种扩增研究,跨物种通用性范围为29.17%-100%。这些微卫星位点将有助于进一步研究该物种的种群结构和遗传分化。本研究中,我们对9个文蛤群体进行了微卫星分析,筛选了6个多态性高的微卫星标记用于遗传评估,分析了种群分化程度,检测了不同群体的遗传多样性水平。我们检测到共165个等位基因。在这6个微卫星位点中,等位基因的最小数目是4,每个位点的最大数目是30。观测杂合度最小值为0.717,最大值为0.861,期望杂合度的平均值为0.797,最大值为0.856。9个文蛤群体的FST=0.214,P<0.01,说明群体间的遗传分化程度是显着的。本文通过邻接法对9个文蛤群体进行聚类分析,结果表明,来自GX（广西）的文蛤群体独立为一支,其他8个群体聚成一支,表明每个种群中个体之间存在一定程度的遗传变异。本研究为我国文蛤种群遗传多样性的检测提供依据,也为文蛤种质资源提供了保护。我们通过微卫星标记分析9个种群的样本,研究了文蛤的遗传变异和种群结构。同时,利用线粒体细胞色素氧化酶亚基I（mtCOI）基因评估了9个文蛤群体的遗传多样性和分化。获得共90个COI序列,每个COI序列长度为699 bp。鉴定了51个单倍型,其中10个单倍型在群体中共享。单倍型多样性在FJ（福建）,PJ（盘锦）和JS（江苏）中最高（0.9778±0.0540）,在DD（丹东）中最低（0.7778±0.1374）。核苷酸多样性在PJ中最高（0.4534±0.2405）,在JS中最低（0.0062±0.0041）。中性检验（Fu’s Fs）和错配分布分析显示,文蛤不排除种群扩张事件。分子方差分析（AMOVA）表明,91.7%的遗传方差在种群内,0.52%的方差在种群中,表明种群之间存在显着的遗传分化（P<0.05）。邻接树显示单倍型不是根据地理位置聚类,而是来自相同或相邻位置的一些单倍型组合在一起。本研究结果为文蛤的遗传多样性和种群结构提供了有用的信息,并为文蛤的资源管理和保护提供见解。采用SRAP（sequence-related amplified polymorphism）分子标记分析了文蛤9个群体的遗传多样性。从105对引物组合中筛选出8对条带清晰、多态性丰富的引物组合,每对引物组合检测到的位点数为12-23个,在9个文蛤群体中共检测到132个位点。JS群体的多态位点百分率最高（27.27%）。9个文蛤群体的Nei’S基因多样性在0.0647-0.0793之间,其中SD（山东）群体最低,NK（朝鲜）群体最高。Shannon’S信息指数在0.1023-0.1202之间,其中SD群体最低,JS群体最高。9个群体间的Nei’S无偏遗传距离为0.0243-0.0570,遗传相似度为0.9446-0.9760;GX和SD群体间遗传距离最大（0.0570）,亲缘关系较远,SD和JS群体间遗传距离最小（0.0243）,亲缘关系较近。这为文蛤的种质资源保护和良种选育提供了科学依据。采用SRAP-cDNA方法分析了两种壳色文蛤的差异表达基因,筛选与壳色相关的分子标记。采用30对稳定的引物组合对2种壳色文蛤cDNA进行扩增,有11对引物表现出差异片段,经过回收、克隆、测序后得到18条不同的差异序列,将测序结果进行BlastX比对分析,结果发现Ton依赖受体蛋白可能参与贝类壳色调控。根据差异序列设计了SCAR引物,并在“黄色”和“红色”文蛤中进行了PCR扩增,获得了4对差异引物.采用群体对四种标记（Me1/Em2,Me2/Em3,Me4/Em11 and Me4/Em12）进行验证,结果发现,Me1/Em2和Me2/Em3在“黄色”文蛤群体中呈现阳性,而Me4/Em11和Me4/Em12在“红色”文蛤群体中为阳性,并且这四种标记均可作为文蛤壳色相关标记。这为研究文蛤不同壳色基因调控奠定了基础,也为进一步研究文蛤壳色性状的分子遗传基础提供了有用的信息。
朱齐春[6]（2018）在《皱纹盘鲍与绿鲍杂交分子细胞遗传学的初步研究》文中研究指明皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai,下文简称为D）是我国重要的养殖鲍类,绿鲍（H.fulgens,下文简称为F）是从美国加利福尼亚引进的鲍类。2010年,皱纹盘鲍与绿鲍的种间杂交得以突破,而且DF和FD杂交F1在成活率、生长速度和高温耐性等性状上均表现出杂种优势,具有良好的应用前景。然而,皱纹盘鲍与绿鲍杂种鉴定的细胞遗传学方法仍然不稳定,重复序列的遗传特征研究尚未开展。因此,本研究拟对杂交鲍基因组原位杂交（Genome in situ hybridization,GISH）技术进行优化,并在此基础上分析皱纹盘鲍与绿鲍杂交F1的染色体组结构;对皱纹盘鲍与绿鲍亲本与正反杂交F1的45S rDNA片段（含ITS1-5.8S rDNA-ITS2）进行克隆、测序与序列比对分析,以及FISH（Fluorescence in situ hybridization）比较定位。主要研究结果如下:1、优化实验结果表明,杂交鲍GISH杂交缓冲液主要成分的适宜范围为:探针长度为250500bp,探针的用量为62.5125ng/10μL,封阻用鲑精DNA的用量为探针用量的10倍左右,杂交缓冲液中去离子甲酰胺的浓度为30%左右、硫酸葡聚糖（DS）或聚乙二醇（PEG）6000的浓度分别为12.5%17.5%或7.5%左右。2、核型分析结果显示,DF和FD杂交F1均含有36条染色体,核型同为2n=22m+12sm+2st,NF=72。GISH结果分析显示,DF杂交F1细胞内含有一套父本染色体组和一套母本染色体组。3、45S rDNA片段（ITS1-5.8S rDNA-ITS2）序列比对分析结果显示,ITS1和ITS2区域共有26个SNP标记和12个InDel标记,其中16个SNP和10个InDel标记可以区别出皱纹盘鲍和绿鲍。DF和FD杂交F1序列均与母本高度相似。设计了特异扩增皱纹盘鲍或绿鲍特异ITS的引物。PCR分析结果显示,DF和FD杂交F1均含有二者特异的ITS。4、45S rDNA片段（ITS1-5.8S rDNA-ITS2）FISH结果显示,两亲本均有3对分布于染色体端部的45S rDNA基因簇,但是阳性信号的染色体略有差异:绿鲍3对均为m染色体,皱纹盘鲍包括2对m染色体和1对sm染色体。DF和FD杂交F1均有6个45S rDNA基因簇,都是分布于5条m染色体与1条sm染色体。综上所述,本研究系统优化了杂交鲍GISH杂交缓冲液主要成分浓度（用量）及其他参数,提高了GISH分析的可控性。然而,利用GISH分辨DF和FD亲本染色体的难度仍然远高于皱纹盘鲍与杂色鲍（H.diversicolor diversicolor）杂交F1.这一结果提示,地理分隔远的皱纹盘鲍与绿鲍基因组序列的同源性远远高于分布区域邻近的皱纹盘鲍与杂色鲍。45S rDNA ITS序列存在种间分化,杂种含有来自双亲的45S rDNA,但研究结果提示杂种45S rDNA可能具有母本偏向的特征。可见,4S rDNA ITS SNP或In Del标记的分型可用于鉴定待测材料的遗传组成,而且杂交F1的45S rDNA序列的母本偏向值得深入研究。
周海波,徐继林,朱鹏,严小军[7]（2013）在《几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计》文中研究说明用改良CTAB法提取我国沿海东南部滩涂贝类常见的4种饵料微藻的基因组DNA,结果发现提取的DNA产率高、完整性好,认为是一种简便而高效的微藻基因组DNA提取方法.对其18S rRNA基因（18S rDNA）进行克隆与测序,并利用序列比对软件MEGA 5.0对各微藻的18SrDNA序列进行两两比对,设计出了能够用于快速区分此4对饵料微藻的特异性PCR引物（Cha.F/Cha.R、Iso.F/Iso.R、Pla.F/Pla.R及Nan.F/Nan.R）.PCR扩增验证实验结果显示,4对引物均具有很强的特异性,无交叉扩增现象.扩增片段大小范围为100～200 bp,满足实时荧光定量PCR的实验要求,在检测滩涂贝类对此4种饵料微藻的摄食选择性研究方面具有重要意义.
胡丽萍[8]（2013）在《扇贝的染色体作图及系统进化分析》文中指出1．栉孔扇贝染色体识别技术的建立本研究应用荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization，FISH）技术，通过开发染色体特异分子标记，首次实现了栉孔扇贝所有染色体的识别，并在此基础上构建了栉孔扇贝的染色体图谱，首次对栉孔扇贝微卫星遗传连锁图谱和染色体图谱进行了初步整合。主要结果如下：（1）通过三维两步PCR筛选系统，选取分布于栉孔扇贝微卫星遗传连锁图谱19个连锁群上的42个微卫星标记对本实验室构建的栉孔扇贝BAC文库进行克隆筛选，应用FISH技术对筛选到的阳性克隆进行染色体定位，最终成功实现32个含有微卫星标记BAC克隆的定位。其中30个标记克隆可在染色体上产生稳定、单一的荧光信号，另外2个克隆的定位信号出现在多条染色体上。30个具有单一染色体定位的标记在连锁群上的分布为：12个连锁群上分别被成功定位2个标记；6个连锁群上分别被成功定位1个标记。对位于同一连锁群的标记采用双色FISH技术进行共杂交检验及核型分析，结果显示：位于同一连锁群且被定位于同一染色体上的标记有16个，分别位于8个连锁群上；位于同一连锁群但被定位于不同染色体上的标记有8个，分别位于4个连锁群上。通过对位于不同连锁群上标记间的共杂交，结果表明：较小的连锁群LG16和LG18可以分别与较大的连锁群LG6和LG8整合到一起。（2）应用FISH技术，从96个BAC克隆和27个fosmid克隆中筛选获得可产生染色体单一信号位点的克隆标记69个。凭借多重双色FISH，从中筛选出15个具有无/低背景的克隆标记，构建了一套可用于区分所有形态相似的亚中部和亚端部着丝粒染色体的染色体特异标记。在所有染色体被识别的基础上，通过FISH共杂交及核型分析技术，构建了一张包含70个标记且覆盖19条染色体的栉孔扇贝染色体定位模式图。该图谱包含58个BAC克隆，11个fosmid克隆以及1个5S rRNA基因序列。其中58个BAC克隆中包括30个含有SSR标记信息，2个含有基因相关信息，和26个随机筛选克隆；11个fosmid克隆中包括7个含有重复序列信息和4个含有不同基因序列信息的克隆。栉孔扇贝每条染色体上的特异位点标记数目从1个到8个不等，平均为3.7个。该图谱将会在栉孔扇贝全基因组序列拼接，图位克隆，QTL定位等多个研究方面发挥重要作用。2．重复序列在几种扇贝染色体上的比较定位分析（1）C0t-1DNA的比较定位：将来自栉孔扇贝的C0t-1DNA通过FISH技术分别杂交到栉孔扇贝，虾夷扇贝以及海湾扇贝的中期分裂相染色体上，结果显示：C0t-1DNA在三种扇贝的所有染色体上均有分布，但信号的分布密度和强度有明显差异。在栉孔扇贝绝大多数染色体的着丝粒，近着丝粒，以及近端粒位置丛生有密集且非常明亮的荧光信号。在虾夷扇贝中，仅在少数染色体的着丝粒及靠近着丝粒的长臂区域观察到有较强的丛生明亮信号。而在海湾扇贝中，几乎没有这种密集明亮信号的分布。这种全基因组范围重复序列的比较定位分析表明，相比栉孔扇贝与海湾扇贝，栉孔扇贝和虾夷扇贝的重复DNA序列具有相对更高的同源性，该两种扇贝可能具有更近的亲缘关系。另外，由于C0t-1DNA在栉孔扇贝的同源染色体上呈现出相似的荧光信号带型，而在非同源染色体上表现较明显的差异，据此我们对栉孔扇贝进行了较为准确的核型分析。（2）重复序列-rDNA的染色体定位：对华贵栉孔扇贝和紫扇贝的核糖体基因进行染色体的FISH定位，结果显示：在华贵栉孔扇贝中，18S-28S rDNA具有一个信号位点，位于最大的1对中部着丝粒染色体的着丝粒位置；5S rDNA产生两个信号位点，分别位于两对端部着丝粒染色体的长臂中间和长臂端部位置。在紫扇贝中，18S-28S rDNA拥有多个信号位点，分别位于6～7对亚端部或端部着丝粒染色体的短臂上；5S rDNA具有两个信号位点，它们位于同一对端部（或亚端部）着丝粒染色体长臂中间的邻近位置。对两种rDNA的共杂交结果显示：两种扇贝的18S-28S rDNA和5S rDNA均位于不同的染色体上。结合华贵栉孔扇贝的核型及其18S-28S rDNA的定位结果，推测该扇贝染色体可能在进化过程中发生过罗伯逊融合。而紫扇贝多个18S-28S rDNA位点的产生则可能是在进化过程中发生了染色体的非相互易位。两种扇贝的两种rDNA均不在相同的染色体上，说明在进化过程中载有核糖体DNA的染色体可能发生过断裂或（和）易位。3．扇贝科多个物种的分子系统进化分析通过克隆测序获得了7个扇贝物种（海湾扇贝、紫扇贝、平濑掌扇贝、褶纹肋扇贝、新加坡掌扇贝、大西洋深水扇贝、太平洋花扇贝）的核糖体转录间隔区（ITS）序列，序列分析表明，7种扇贝的ITS区域总长从685bp（大西洋深水扇贝）到732bp（太平洋花扇贝）不等，GC含量从46.7%（紫扇贝）到52.7%（褶纹肋扇贝）不等。所有物种的5.8S rDNA区域长度均为157bp，且GC含量值相比ITS1和ITS2区域的都要高；所有测序扇贝的ITS1和ITS2长度均相当，且GC含量均为ITS2高于ITS1。结合GenBank中已发表扇贝物种的ITS序列，对在全球不同海域分布的21个扇贝物种进行了系统发生关系的研究。在根据ITS1和ITS2结合序列构建的NJ分子系统树中，大西洋深水扇贝单独成为一枝，其余所有扇贝物种形成两个大的分枝。其中一枝包括紫扇贝、太平洋花扇贝、海湾扇贝、日月贝、欧洲大扇贝、女王扇贝、美丽环扇贝、褶纹肋扇贝和Decatopectenradula共9个扇贝物种，其中同属海湾扇贝属的紫扇贝、太平洋花扇贝和海湾扇贝具有很近的亲缘关系，尤其是紫扇贝和太平洋花扇贝之间的遗传距离与紫扇贝种内遗传距离甚至存在重叠，表明该两种扇贝可能属于亚种的关系；另外的一枝包括了栉孔扇贝、虾夷扇贝、Semipallium fulvicostata、6种Mimachlamys属扇贝（M. varia、C. distorta、M. pyxidatus、华贵栉孔扇贝、M. senatoria、M. sp. TN-2006）和2种掌扇贝属扇贝（平濑掌扇贝和新加坡掌扇贝）。MP系统树与NJ树的聚类结果基本相似，但也有一些差异，尤其是对大西洋深水扇贝的聚类结果。本研究对扇贝物种的系统分析结果与根据双壳贝类形态学的分类结果以及根据线粒体基因的系统发生学研究结果基本一致。以上分析结果不仅使我们对不同扇贝间的亲缘关系远近有更清晰的认识，还可以为扇贝不同近缘物种间的杂交育种尝试提供理论指导。4．紫扇贝和海湾扇贝杂交子代的细胞与分子遗传学分析紫扇贝与海湾扇贝已成功获得杂交，且其杂交子代表现出明显的杂种优势。为了更好的理解该杂种优势产生的遗传基础，本研究采用GISH，AFLP，SSR，DNA测序等细胞和分子生物学手段对这两种扇贝正反交子代的基因组组成和变异进行了遗传学分析。主要结果如下：（1）对紫扇贝和海湾扇贝的正反杂交子代幼虫进行GISH检测，结果表明绝大多数的子代基因组中包含32条染色体，且其中一半可被紫扇贝的基因组探针标记上，另一半可被海湾扇贝的基因组探针标记上，因而表明该杂交子代分别继承了两亲本各一套的染色体，是真正精卵结合水平的杂交种。另外，实验中还检测到有少数的染色体丢失及异源多倍体的分裂相。（2）采用AFLP，SSR及DNA测序技术对正反杂交子代成体扇贝的遗传组成和变异进行研究。ITS序列扩增和AFLP分析结果均表明：杂交子代继承了来自双亲的绝大多数核遗传物质，充分确定了该杂交成体扇贝是真正的杂交种。但在杂种的ITS序列分析中还检测到了两亲本组合型的ITS变异中间体，AFLP分析中也检测到了少数AFLP位点的变异，这些均表明子代对双亲遗传物质的继承并不是父本和母本遗传物质的简单叠加，而是在继承双亲特异位点的同时，还有少量位点的变异。另外，群体遗传分析数据表明，杂交子代群体的遗传相似度降低，杂合度水平升高，杂种群体的遗传多样性增加，在遗传关系上正反杂交子代略偏向于各自的母本。16S rDNA序列分析表明，正反杂交子代中的该基因序列分别与其母本中的序列同源，揭示了线粒体基因在该杂交扇贝中是遵循母性遗传的。以上结果将对正确认识该两种扇贝的杂交甚至其它海洋贝类杂交育种和杂种优势的利用有重要意义。
李清荟[9]（2013）在《6种海洋动物微卫星分子标记的开发及其遗传多样性的研究》文中研究指明地。此外海洋野生资源已不能满足人类的需求,因此亟需对物种进行人工繁育及养殖。要解决以上问题就必须对物种的遗传背景有较全面的了解。查阅文献发现本研究的6个物种均未受到水产界学者的太多关注,因此本研究首次采用微卫星分子标记技术筛选出旗江珧（Atrina vexillam）、粒花冠小月螺（Lunella coronata granulata）、褐毛鲿（Megalonibea fusca）、细角螺（Hemifusus termatamus）4个物种的微卫星位点以及在前人已开发的基础上继续对褐篮子鱼（Siganus fuscescens）和褐鲳鲉（Sebastiscus marmoratus）进行微卫星标记的筛选,以期为这6个海洋物种提供遗传信息,为其种子资源评估,资源保护及人工育苗等方面提供科学依据。6个物种的微卫星发育及遗传多样性结果如下:1、采用FIASCO法构建旗江珧微卫星文库。随机挑取236个片段大小为500-1000bp的阳性克隆进行测序,结果共获得158条含有微卫星片段的序列。挑取微卫星重复次数为5-30的序列进行引物设计,结果共设计出48对引物,利用海南群体30个个体对其进行多态性筛选和遗传多样性评估,最终获得11对多态性微卫星引物。11个位点的遗传信息评估显示,多态信息含量（PIC）为0.199-0.831,等位基数（Na）为2-8个,观察杂合度和期望杂合度分别为0.1000-0.8667和0.1244-0.8356;11个位点中9个位点符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,位点Av3-25和位点Av1-32偏离HWE平衡;多态性分析结果显示,仅有位点Av3-25为低多态位点,其余十个位点均为中度和高度多态位点。2、采用FIASCO法构建粒花冠小月螺微卫星文库。随机挑选310个阳性克隆进行测序,结果同获得148条含有微卫星片段的DNA序列,通过分析序列的核心重复次数和保守片段大小,设计并合成60对引物。利用厦门海域的30个个体对其进行筛选,结果共获得10对显示出个体间多样性引物。进一步的遗传信息评估显示,10个微卫星位点的期望杂合度和观察杂合度分别为0.0667-0.7333和0.0644-0.6628,多态信息含量（PIC）为0.305-0.559,其中位点Lc2-32、Lc4-22和位点Lc4-50为高度多态性,其余位点均为中度多态性。Hardy-Weinberg平衡检测,结果显示位点Lc2-32、Lc4-22严重偏离Hardy-Weinberg平衡,剩余8个位点符合HWE（P>0.05）平衡。3、采用FIASCO法构建细角落微卫星基因组文库。随机选取248个片段大于500bp的阳性克隆进行测序。结果显示,在220个成功测序的阳性克隆中共获得278个微卫星序列,其中完美型171个,占61.5%;非完美型81个,占29.1%;复合型26个,占9.4%。除探针使用的GT和CT的重复序列外,还筛选到三碱基GTT、TGG、GAA、CAA;四碱基TCTA、ACAG、TAGA、GTGA、GTCT、GATA及五碱基TTTTG的重复序列。设计合成58对引物,用30个人工养殖的子一代个体对其进行多态性筛选,结果筛选出9对单态微卫星引物,这一结果表明细角螺子一代个体间的微卫星多态性极不显着。4、采用FIASCO法,构建褐毛鲿微卫星文库。随机挑取片段大小在500-1000bp的242个阳性克隆进行测序,经分析微卫星侧翼序列后,共设计41对扩增引物。将合成的引物对褐毛鲿1个群体的30个个体进行遗传多样性检测,结果共筛选出10个多态性位点,10个位点中包括2个高度多态性位点,6个中度多态性位点和2个低度多态性位点。10对多海洋动物是主要的蛋白提供源,对人类有着重要作用。但目前海洋环境的恶化,导致海洋动物的资源数量和质量都随之受到了严重影响,甚至有些海洋物种处在濒临灭绝的境态引物在30个个体中扩增出的等位基因数为2-5;褐篮子鱼群体的多态信息含量（PIC）、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）的范围分别为0.000-0.624、0.0667-0.7667、0.0644-0.5828;其中8对符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,位点Mf25和Mf30偏离HWE平衡。5、采用FIASCO法,构建褐篮子鱼微卫星文库。测序及侧翼序列分析后,共设计48对引物。用褐篮子鱼1个野生群体的32个个体对其进行多态性检测及遗传多样性评估,结果共筛选出15对多态性微卫星引物,其中包括7个高度多态性位点,6个中度多态性位点和2个低度多态性位点;这些微卫星位点的等位基因数为2-12;其多态信息含量（PIC）、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）的范围分别为0.210-0.849、0.1429-0.8077、0.2246-0.8533;其中13个位点符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,位点Sf1-37-2和位点Sf47严重偏离HWE平衡。6、采用FIASCO法,构建褐鲳鲉微卫星文库。经测序及侧翼序列分析后,共设计46对引物,用厦门采集的32个野生褐鲳鲉个体对其进行多态性检测,结果共筛选出11个多态性微卫星微点。这些位点在32个个体中扩增出的等位基因数为2-8,多态信息含量为0.155-0.752,观察杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别为0.186-0.969和0.0.170-0.782。其中,10个微卫星位点符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,1个严重偏离HWE平衡。本研究共对6个海洋动物的微卫星位点进行筛选,结果除细角螺未筛选出微卫星多态位点外,其他5个物种均实现微卫星多态位点的筛选。这一结果表明,物种微卫星分子标记在诸多物种中方可筛选得到,但同时也给予了提醒:用于物种遗传多样性研究的群体应该随机采样,以避免采集到的样品都是来自相同亲本的子一代个体。3种海洋鱼类的遗传评估结果显示,褐毛鲿的遗传多样性和多态信息含量较低均低于褐篮子鱼和褐鲳鲉。这一结果可能与褐毛鲿自然资源分布范围小,种群数量较少有关,也可能与其野生物种数量的减少,养殖规模扩大,致使近交和近交衰退现象出现有关。这一现象提醒我们,应及时采取有效保护措施对该物种进行保护。本研究筛选出的11个旗江珧微卫星位点、10个粒花冠小月螺微卫星位点、10个褐毛鲿微卫星位点、15个褐篮子鱼微卫星位点及11个褐鲳鲉微卫星位点可用于物种群体遗传学、进化遗传、性状相关的QTL定位分析、种质鉴定、遗传连锁图谱制备以及遗传育种等领域的研究,最终实现对物种的合理开发和保护。最后,从6个物种微卫星位点的筛选中总结出了涉及微卫星标记技术路线的主要4个方面:一是微卫星位点的开发,二是设计合成高质量的引物,三是PCR扩增与结果检测,四是数据分析。
王家丰[10]（2013）在《长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用》文中研究说明牡蛎（Oyster）属软体动物门，瓣鳃纲，牡蛎科，广泛分布于亚洲、美洲、欧洲以及澳洲等世界各海域。牡蛎具有重要的生态和经济价值，也是研究得最为全面深入的海洋贝类之一，特别是随着牡蛎全基因组测序的完成，其逐步成为海洋贝类研究的模式种。我国于20世纪80年代开始人工养殖长牡蛎（Crassostreagigas），现已成为我国重要的海水养殖贝类。自从二十世纪以来，养殖长牡蛎经常受夏季大规模死亡，经济性状性能衰退等原因影响，造成长牡蛎养殖生产损失较大。培育高产、抗逆、质优的牡蛎一直是牡蛎产业和育种研究的重要目标。随着分子生物学与基因组学的发展，牡蛎的育种研究也正在经历由传统的选择、杂交育种到基于基因组信息的分子育种的转变。基于基因组的分子育种核心内容是对基因型和表型多态性的研究，其中单核苷酸多态性（SNP）因其分布广（尤其是在基因区也有分布）、可实现高通量检测等优点，逐渐成为基因型检测的重要工具。通过牡蛎全基因组测序和转录组测序，我们对牡蛎基因组SNP和多态性进行了系统筛查评估，本研究以长牡蛎全基因组序列为参考，利用三个海区的长牡蛎转录组数据获得长牡蛎基因表达区的SNP位点信息，并结合高分辨率熔解曲线技术（HRM）构建一套适合于长牡蛎高杂合基因组特点的高通量SNP标记开发平台。利用该平台成功开发了长牡蛎基因区SNP标记1329个，分型效率达到65.2%。在获得分型的SNP标记中84%是转换类型，其中包括R32.5%，Y35.8%，K7%，M9%，另外还有16%为颠换类型，其中包括W10%，S6%。通过SNP标记的引物序列信息将开发的SNP标记在长牡蛎全基因组Scaffold上进行一一定位，发现上述所有SNP标记覆盖长牡蛎基因组中653个Scaffold，占整个基因组所有Scaffold的38.1%。在基因组数据上的进一步研究发现，所获得的SNP标记分布于864个基因上，这些基因涉及197个Kegg注释通路，其中包括代谢、应激、免疫、抗逆、调节、生殖以及机体构成等方面，几乎涵盖长牡蛎整个生命活动的所有组成部分。这些标记的开发为牡蛎重要性状的基因解析以及基因功能的验证提供了有力工具。长牡蛎基因预测结果显示：长牡蛎HSP70家族呈现扩张状态，推测可能与长牡蛎对潮间带多变生活环境的适应相关。此外，高温也被证实是长牡蛎夏季死亡的一个重要因素。本研究根据长牡蛎基因组中预测的HSP70家族基因的88个成员的序列信息为依据，在上述转录组数据中获取相应的转录序列，并以此为参考开发HSP基因中的SNP标记，共获得43个可以正确分型的SNP标记。以青岛神汤沟海区的长牡蛎自然群体为材料，采取人工控制高温刺激的手段将受试牡蛎材料分为热刺激敏感群组和热刺激耐受群组。利用上述平台检测43个HSP70基因中的SNP标记在群体中的分离情况，统计分析其等位基因以及基因型的分离比例并进行高温抗逆相关性分析。发现2个位于HSP70基因中的SNP标记与高温抗逆具有显着相关性（p<0.05），其中一个标记（SNP863）的等位基因频率与高温抗逆表现出极显着相关性（p<0.01）。这说明该基因中标记的等位基因频率及基因型频率与长牡蛎感受高温刺激以及其高温耐受能力密切相关。这两个SNP标记的突变类型均为Y（C/T），SNP809标记在高温抗逆性群组中等位基因T以及基因型TT出现的频率更高，分别为64.70%、35.30%，而其高温敏感性群组中分别为40.60%、17.20%；然而在SNP863标记中等位基因C与基因型CC在高温抗逆性群组中出现的频率却占据了绝对优势分别为90.60%、81.2%，而其高温敏感性群组中分别为64.8%、42.2%，甚至在高温抗逆群组中根本没有出现TT基因型。这表明这两个SNP标记位点所在的基因在长牡蛎高温抗逆过程中可能有重要作用，并且其等位基因型和基因型与长牡蛎热刺激耐受相关。该结果为长牡蛎高温抗逆机制的进一步研究找到良好的切入点，也为长牡蛎抗高温新品种的选育方法的建立奠定了良好的基础。本文还研究了一种基于精简基因组高通量测序技术的SNP标记开发方法，该方法的核心是利用精简过的基因组序列片段的双端测序的结果来获得SNP标记。利用该方法在一个长牡蛎F1家系中构建一张高密度遗传连锁图谱。该图谱共包含1584个SNP标记，图谱全长为737.34CM；最大连锁群包含336个SNP标记，最小连锁群包含61个SNP标记，标记间平均图距为0.47CM。将连锁图谱上的标记定位到长牡蛎基因组上，获得相应的对应关系，在1584个标记中共计有1242个标记能够定位在Scaffold上，占总图谱标记的78.41%；这些标记共分布于654个Scaffold上，这些SNP标记的Scaffold全长超过282M，约占所有Scaffold全长的1/2左右。该连锁图谱为基因组测序图谱Scaffold的排序以及长牡蛎QTL精细定位和基因解析等遗传连锁研究奠定基础。此外，本研究还建立了基于物种间COI基因序列的SNP差异，并利用本实验室SNP标记开发平台，建立一种贝类近缘物种种质鉴定的方法。该方法借助于高分辨率溶解曲线来区分DNA条形码序列中的SNP差异从而达到种质鉴定的结果。利用COI基因上的一段序列片段设计产生的一对引物在我国海域常见的巨蛎属牡蛎的物种鉴定中体现出简单易行、明确直观、准确有效等突出的优越性。其次，本方法为一个开放体系，应用范围广泛，不仅可用于一种贝类物种鉴定，只要是基于DNA条形码序列水平上的差异能够区分的贝类物种均可以利用该方法来进行物种间的区分、鉴定。
二、几种海洋贝类基因组DNA的提取（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、几种海洋贝类基因组DNA的提取（论文提纲范文）
（1）功能化磁性纳米材料制备及其在副溶血性弧菌和儿茶酚快速检测中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 功能化磁性纳米材料研究进展 |
| 1.1.1 磁性纳米材料简介 |
| 1.1.2 国内外磁性纳米材料的制备方法 |
| 1.1.3 国内外磁性纳米材料修饰方法 |
| 1.1.4 国内外磁性纳米材料的应用 |
| 1.2 副溶血性弧菌检测研究进展 |
| 1.2.1 副溶血性弧菌简介 |
| 1.2.2 副溶血性弧菌的检测方法 |
| 1.3 儿茶酚检测研究进展 |
| 1.3.1 儿茶酚简介 |
| 1.3.2 儿茶酚检测方法 |
| 1.4 本研究的主要内容 |
| 1.4.1 主要内容 |
| 1.4.2 技术路线图 |
| 第2章 二氧化硅修饰的磁性纳米材料检测副溶血性弧菌研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验仪器与试剂 |
| 2.1.2 Fe_3O_4制备 |
| 2.1.3 Fe_3O_4@SiO_2制备 |
| 2.1.4 Fe_3O_4@Si O_2提取VP基因组DNA能力测定 |
| 2.1.5 Fe_3O_4和Fe_3O_4@SiO_2形貌结构表征 |
| 2.1.6 水产品VP基因组DNA的提取 |
| 2.1.7 水产品中副溶血性弧菌检测 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 Fe_3O_4制备条件的优化 |
| 2.2.2 正硅酸乙酯加入量对Fe_3O_4@SiO_2结构影响 |
| 2.2.3 Fe_3O_4@SiO_2提取VP基因组DNA能力鉴定 |
| 2.2.4 Fe_3O_4和Fe_3O_4@SiO_2结构及形貌表征结果 |
| 2.2.5 水产样品中副溶血性弧菌的检测结果 |
| 2.3 小结 |
| 第3章 磁性贵金属生物酶传感器检测儿茶酚的研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验仪器与试剂 |
| 3.1.2 Fe_3O_4@PVP@Au的制备 |
| 3.1.3 Fe_3O_4@PVP@Au的表征 |
| 3.1.4 叉指电极的制备与表征 |
| 3.1.5 磁性贵金属生物传感器的构建 |
| 3.1.6 磁性贵金属生物酶传感器的循环伏安测试 |
| 3.1.7 儿茶酚的检测 |
| 3.1.8 数据处理与分析 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.2.1 Fe_3O_4@PVP@Au磁性纳米粒子的表征结果 |
| 3.2.2 叉指电极表征结果 |
| 3.2.3 磁性贵金属生物酶传感器循环伏安测试 |
| 3.2.4 金纳米粒子对传感器信号的影响 |
| 3.2.5 磁场对传感器信号的影响 |
| 3.2.6 实际加标养殖水样中儿茶酚的检测 |
| 3.3 小结 |
| 第4章 磁性仿生酶传感器检测养殖水体中儿茶酚的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 主要实验仪器与材料 |
| 4.1.2 仿生酶MOF的合成与表征 |
| 4.1.3 仿生酶MOF识别性能验证 |
| 4.1.4 磁性MOF仿生酶的制备与表征 |
| 4.1.5 磁性MOF仿生酶传感器搭建 |
| 4.1.6 磁性MOF仿生酶传感器循环伏安测试 |
| 4.1.7 儿茶酚的检测 |
| 4.1.8 磁性MOF仿生酶重现性检测 |
| 4.1.9 数据处理与分析 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 仿生酶MOF的表征结果 |
| 4.2.2 仿生酶MOF识别性能验证 |
| 4.2.3 磁性仿生酶的表征结果 |
| 4.2.4 磁性MOF仿生酶的增敏机制 |
| 4.2.5 磁场对磁性MOF仿生酶传感器的影响 |
| 4.2.6 实际加标养殖水样中儿茶酚检测 |
| 4.2.7 磁性MOF仿生酶传感器重现性检测 |
| 4.3 小结 |
| 第5章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 硕士期间研究成果 |
| 致谢 |
（2）高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 扇贝的非损伤性DNA提取方法 |
| 1.2.1 DNA材料的获取 |
| 1.2.2 细胞裂解与蛋白质消化 |
| 1.2.3 DNA分离 |
| 1.3 DNA质量检测 |
| 1.4 虾夷扇贝DNA分子标记扩增与检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 DNA提取质量检测 |
| 2.2 不同方法提取DNA的结果比较 |
| 2.3 分子标记PCR产物扩增检测 |
| 2.4 SSR分型结果验证 |
| 3 讨论 |
| 4 结语 |
（3）双壳类软体动物贝壳DNA高效提取及方法学评价（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 主要仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA提取方法 |
| 1.2.2 基因组DNA的质量检测 |
| 1.2.3 全基因组重测序检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 超微量紫外分光光度计检测DNA纯度和含量 |
| 2.2 全基因组重测序结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结语 |
（4）秦皇岛近海“褐潮区”微型和微微型浮游植物种类组成与动态变化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 褐潮概述 |
| 1.2 研究概况 |
| 1.2.1 褐潮形成原因 |
| 1.2.2 褐潮原因种的检测与分析方法 |
| 1.2.3 褐潮的危害 |
| 1.3 国内研究现状 |
| 1.3.1 秦皇岛褐潮原因种的确认 |
| 1.3.2 抑食金球藻的遗传多态性 |
| 1.4 浮游植物及其研究方法 |
| 1.4.1 海洋浮游植物的划分 |
| 1.4.2 海洋微型和微微型浮游植物 |
| 1.4.2.1 微型和微微型原核浮游植物 |
| 1.4.2.2 微型和微微型真核浮游植物 |
| 1.4.3 浮游植物研究方法 |
| 1.4.3.1 分离纯化法 |
| 1.4.3.2 形态观察法 |
| 1.4.3.3 流式分析法 |
| 1.4.3.4 色素分析法 |
| 1.4.3.5 抗体标记法 |
| 1.4.3.6 高通量测序法 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 第二章 高通量测序方法的优化 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验试剂与耗材 |
| 2.2.2 实验仪器 |
| 2.2.3 藻类培养 |
| 2.2.4 样品获取 |
| 2.2.4.1 室内模拟浮游植物群落样品的制备 |
| 2.2.4.2 野外浮游植物样品采集 |
| 2.2.5 基因组DNA提取 |
| 2.2.5.1 CTAB法 |
| 2.2.5.2 SDS法 |
| 2.2.5.3 Sucrose法 |
| 2.2.6 基因组DNA质量检验 |
| 2.2.7 目标片段PCR扩增 |
| 2.2.7.1 目标区域的选择 |
| 2.2.7.2 PCR扩增条件 |
| 2.2.8 Illumina HiSeq2500平台测序 |
| 2.2.9 数据分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 基因组DNA提取方法比较 |
| 2.3.2 高通量测序目标区域比较 |
| 2.3.2.1 NCBI核酸数据库调研 |
| 2.3.2.2 野外样品高通量测序结果的比较 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基因组DNA提取方法的比较 |
| 2.4.2 高通量测序目标区域的比较 |
| 2.4.2.1 NCBI数据库18S rDNA三个高变区序列信息分析 |
| 2.4.2.2 野外样品18S rDNA三个高变区测序结果的比较分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 秦皇岛近海褐潮区微型和微微型浮游植物种类组成与动态变化研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 实验试剂与耗材 |
| 3.2.2 实验仪器 |
| 3.2.3 样品采集 |
| 3.2.4 基因组DNA提取 |
| 3.2.5 18SrDNAV4区目标片段扩增 |
| 3.2.6 IlluminaHiSeq2500平台测序 |
| 3.2.7 数据分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 2013年褐潮期间秦皇岛近岸海域浮游植物组成及其变化 |
| 3.3.1.1 测序结果 |
| 3.3.1.2 微型和微微型浮游植物种类组成 |
| 3.3.1.3 微型和微微型浮游植物动态变化 |
| 3.3.1.4 浮游植物样品聚类分析 |
| 3.3.1.5 微型和微微型浮游植物多样性指数 |
| 3.3.1.6 稀有OTUs |
| 3.3.1.7 物种相关性分析 |
| 3.3.2 2014年秦皇岛近岸海域浮游植物组成及其变化 |
| 3.3.2.1 测序结果 |
| 3.3.2.2 微型和微微型浮游植物种类组成 |
| 3.3.2.3 微型和微微型浮游植物种类变化 |
| 3.3.2.4 浮游植物样品聚类分析 |
| 3.3.2.5 微型和微微型浮游植物多样性指数 |
| 3.3.2.6 稀有OTUs |
| 3.3.2.7 物种相关性分析 |
| 3.3.3 2016年春季渤海断面调查微型和微微型浮游植物组成 |
| 3.3.3.1 测序结果 |
| 3.3.3.2 微型和微微型浮游植物类群组成及其比较 |
| 3.3.3.3 物种相关性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 秦皇岛褐潮的原因种 |
| 3.4.2 秦皇岛近海微型和微微型浮游植物种类组成和变化情况 |
| 3.4.3 物种相关性分析 |
| 3.4.4 高通量测序方法在浮游植物群落研究中的优势和不足 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 抑食金球藻的遗传多态性 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 实验试剂与耗材 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.2.3 样品采集 |
| 4.2.4 藻种分离和鉴定 |
| 4.2.4.1 分离培养 |
| 4.2.4.2 目标藻鉴定 |
| 4.2.5 克隆文库构建 |
| 4.2.6 高通量测序 |
| 4.2.7 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 抑食金球藻的分离鉴定 |
| 4.3.1.1 电子显微镜观察 |
| 4.3.1.2 色素分析 |
| 4.3.1.3 分子鉴定 |
| 4.3.2 抑食金球藻藻株的克隆文库分析 |
| 4.3.3 渤海海域抑食金球藻的高通量测序结果 |
| 4.3.3.1 褐潮区浮游植物样品高通量测序结果 |
| 4.3.3.2 抑食金球藻的遗传多态性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 渤海抑食金球藻藻株的鉴定 |
| 4.4.2 抑食金球藻核糖体序列多态性比较(28S,18S和 ITS) |
| 4.4.3 抑食金球藻的遗传多态性 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论、创新性和展望 |
| 参考文献 |
| 缩写词中英文对照表 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（5）文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 微卫星标记的概述 |
| 1.1.1 微卫星标记的特点 |
| 1.1.2 微卫星多态性产生的机理 |
| 1.1.3 微卫星标记的应用 |
| 1.2 微卫星标记开发方法 |
| 1.2.1 构建基因组文库法 |
| 1.2.2 近缘物种通用法 |
| 1.2.3 数据库查找法 |
| 1.3 遗传多样性及研究方法 |
| 1.3.1 遗传多样性的概念 |
| 1.3.2 遗传多样性的研究方法 |
| 1.3.2.1 形态学标记 |
| 1.3.2.2 细胞学标记 |
| 1.3.2.3 生化标记 |
| 1.3.2.4 分子标记 |
| 1.3.3 DNA分子标记种类 |
| 1.3.3.1 随机扩增多态性DNA |
| 1.3.3.2 扩增片段长度多态性 |
| 1.3.3.3 微卫星标记 |
| 1.3.3.4 线粒体DNA |
| 1.3.3.5 相关序列扩增多态性 |
| 1.3.3.6 特定序列扩增 |
| 1.4 DNA分子标记在海洋贝类群体遗传多样性的研究进展 |
| 1.5 文蛤分子遗传学研究现状 |
| 1.5.1 文蛤分类地位及生物学特征 |
| 1.5.2 文蛤遗传多样性研究 |
| 1.6 研究的目的和意义 |
| 第二章 文蛤新型EST-SSR的表征和在其他三个物种中的跨物种扩增 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 样品处理 |
| 2.3.2 DNA提取 |
| 2.3.3 序列获得及引物设计 |
| 2.3.4 引物筛选 |
| 2.3.5 群体多态性检测 |
| 2.3.6 跨物种PCR扩增 |
| 2.3.7 数据记录及分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 微卫星引物筛选 |
| 2.4.2 群体遗传多样性 |
| 2.4.3 跨物种扩增 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 文蛤9个地理群体遗传多样性微卫星分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 DNA提取 |
| 3.3.2 SSR标记分析 |
| 3.3.3 遗传多样性数据分析 |
| 3.3.4 样本群体的聚类分析 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 群体遗传多样性和基因型频率和等位基因 |
| 3.4.2 种群间的遗传分化 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 标记信息量 |
| 3.5.2 文蛤的遗传多样性 |
| 3.5.3 种群的遗传分化特征 |
| 第四章 基于线粒体COI基因的文蛤不同地理种群的遗传变异和种群结构 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 DNA提取 |
| 4.3.2 线粒体COI扩增和测序 |
| 4.3.3 数据分析 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 遗传多样性 |
| 4.4.2 群体遗传结构 |
| 4.4.3 历史种群扩张 |
| 4.4.4 系统发育分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 群体遗传多样性 |
| 4.5.2 群体遗传分化 |
| 第五章 SRAP标记分析文蛤9 个不同地理群体的遗传多样性 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 基因组DNA提取及检测 |
| 5.3.2 引物序列的确定 |
| 5.3.3 SRAP-PCR扩增体系的优化及产物的检测 |
| 5.3.4 SRAP谱带统计分析及遗传学指标的计算 |
| 5.4 实验结果 |
| 5.4.1 SRAP扩增带型 |
| 5.4.2 群体遗传多样性 |
| 5.4.3 群体遗传分化 |
| 5.5 讨论 |
| 第六章 不同壳色文蛤的SRAP-cDNA差异分析及SCAR标记 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 实验材料 |
| 6.3 实验方法 |
| 6.3.1 组织RNA的提取 |
| 6.3.2 cDNA的合成 |
| 6.3.3 SRAP-cDNA示差分析 |
| 6.3.4 特异扩增片段的回收、克隆、测序及比对 |
| 6.3.5 SCAR引物的设计与验证 |
| 6.4 实验结果 |
| 6.4.1 SRAP-cDNA示差分析 |
| 6.4.2 差异序列比对分析及SCAR标记转化 |
| 6.4.3 标记的验证 |
| 6.5 讨论 |
| 总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文目录 |
| 致谢 |
（6）皱纹盘鲍与绿鲍杂交分子细胞遗传学的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 鲍类杂交育种概况 |
| 1.1.1 鲍类的种内杂交 |
| 1.1.2 鲍类的种间杂交 |
| 1.1.3 皱纹盘鲍与绿鲍杂交育种的研究进展 |
| 1.2 鲍类的染色体核型研究 |
| 1.3 GISH技术在杂交遗传分析中的应用 |
| 1.3.1 GISH技术 |
| 1.3.2 GISH技术在杂交中的应用 |
| 1.3.3 GISH技术在贝类杂交中的应用 |
| 1.4 45S r DNA ITS序列及其在种质鉴定中的应用 |
| 1.4.1 45S r DNA ITS序列 |
| 1.4.2 45S r DNA ITS序列在种质鉴定中的应用 |
| 1.5 本文的研究目的与内容 |
| 1.5.1 研究目的与意义 |
| 1.5.2 研究内容和技术路线 |
| 第2章 GISH技术的优化及其在皱纹盘鲍与绿鲍杂交的子代中的应用 |
| 2.1 GISH技术的优化 |
| 2.1.1 实验主要仪器及试剂 |
| 2.1.2 实验材料采集 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.1.4 实验结果 |
| 2.1.5 讨论 |
| 2.2 皱纹盘鲍与绿鲍杂交F1染色体组结构的分析 |
| 2.2.1 实验主要仪器及试剂 |
| 2.2.2 实验材料采集 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.4 实验结果 |
| 2.2.5 讨论 |
| 第3章 绿鲍和皱纹盘鲍的杂交子代45S rDNA ITS 序列比对及其 FISH 定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验主要仪器及试剂 |
| 3.1.2 实验材料及其采集 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 绿鲍与皱纹盘鲍的杂交子代45S r DNA ITS序列比对 |
| 3.2.2 绿鲍和皱纹盘鲍种间特异引物的设计结果 |
| 3.2.3 45S r DNA ITS重复序列的FISH定位 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 结论和展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间科研成果情况 |
（7）几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 微藻 |
| 1.2 微藻基因组DNA的提取 |
| 1.3 微藻18S r DNA片段的克隆与测序 |
| 1.4 特异性引物的设计与验证 |
| 1.5 特异性引物用于实时荧光定量PCR的尝试 |
| 2 结果 |
| 2.1 4种微藻基因组DNA的提取结果 |
| 2.2 4种微藻18S r DNA序列分析 |
| 2.3 特异性探针特异性强度的验证 |
| 2.4 特异性引物用于实时荧光定量PCR所得到的标准曲线及融解曲线 |
| 3 讨论 |
| 3.1 微藻基因组DNA提取方法的选择 |
| 3.2 4种饵料微藻特异性引物设计及特异性验证 |
| 3.3 特异性引物的应用价值 |
| 4 结论 |
（8）扇贝的染色体作图及系统进化分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 0 引言 |
| 1 双壳贝类基因组特征 |
| 2 双壳贝类基因组研究现状 |
| 2.1 分子标记的发展和连锁图谱的构建 |
| 2.2 双壳贝类基因组中的功能基因研究 |
| 2.3 双壳贝类的分子系统进化关系研究 |
| 3 双壳贝类的染色体研究现状 |
| 3.1 双壳贝类染色体的核型及带型研究 |
| 3.2 荧光原位杂交技术在双壳贝类染色体研究中的应用 |
| 4 海洋贝类的杂交育种研究 |
| 4.1 海洋贝类的杂交育种及杂种优势研究概况 |
| 4.2 海洋贝类的杂种鉴定及杂种优势分析 |
| 5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 栉孔扇贝微卫星遗传图谱与染色体图谱的初步整合 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 SSR 标记的 BAC 克隆筛选 |
| 2.2 探针的制备 |
| 2.3 SSR-BAC 克隆的 FISH 定位结果 |
| 2.4 同一连锁群的 SSR-BAC 克隆的 FISH 定位结果 |
| 2.5 微卫星图谱与染色体图谱的整合 |
| 3 讨论 |
| 3.1 微卫星标记的 BAC 文库筛选 |
| 3.2 遗传连锁图谱（Genetic linkage map）与物理图谱（Physical map）的整合 |
| 3.3 栉孔扇贝的染色体识别与图谱整合 |
| 第三章 栉孔扇贝染色体鉴别技术的建立 |
| 0 引言 |
| 第一节 栉孔扇贝染色体特异性探针的筛选 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因序列对 BAC 文库的筛选 |
| 2.2 含 gene 序列 BAC 克隆的 FISH 定位 |
| 2.3 随机选取 BAC 克隆的 FISH 定位 |
| 2.4 含重复序列 fosmid 克隆的 FISH 定位 |
| 2.5 含 gene 序列 fosmid 克隆的 FISH 定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 利用 fosmid 及 BAC 克隆进行栉孔扇贝染色体识别的可行性 |
| 3.2 fosmid 克隆和 BAC 克隆的 FISH 定位比较 |
| 第二节 栉孔扇贝分子标记染色体定位模式图的构建 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 染色体特异性探针的制备 |
| 2.2 染色体的区分鉴定 |
| 2.3 染色体图谱的构建 |
| 2.4 染色体识别图式的建立 |
| 3 讨论 |
| 3.1 栉孔扇贝染色体的识别鉴定 |
| 3.2 栉孔扇贝的细胞遗传学图谱 |
| 3.3 染色体图谱构建尚需改善的方面及下一步的工作展望 |
| 第四章 扇贝的比较细胞遗传分析及系统发生关系研究 |
| 第一节 C0t-1 DNA 在栉孔扇贝、虾夷扇贝及海湾扇贝染色体上的比较定位研究 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 C0t-1 DNA 探针的制备 |
| 2.2 C0t-1 DNA 在三种扇贝染色体上的 FISH 定位 |
| 3 讨论 |
| 3.1 几种扇贝的亲缘关系 |
| 3.2 栉孔扇贝的 C0t-1 DNA 染色体带型 |
| 第二节 核糖体 DNA（5S rDNA 和 18S-28S rDNA）在华贵栉孔扇贝和紫扇贝染色体上的定位 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 18S-28S rDNA 和 5S rDNA 探针的制备 |
| 2.2 华贵栉孔扇贝和紫扇贝 18S-28S rDNA 的 FISH 定位 |
| 2.3 华贵栉孔扇贝和紫扇贝 5S rDNA 的 FISH 定位 |
| 2.4 18S-28S rDNA 和 5S rDNA 的双色 FISH |
| 3 讨论 |
| 第三节 基于核糖体转录间隔区（ITS）序列探讨扇贝属多个扇贝物种的系统发生关系 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 序列扩增及比对分析 |
| 2.2 遗传距离分析 |
| 2.3 系统进化分析 |
| 3 讨论 |
| 3.17 个测序扇贝物种 ITS 区域序列的遗传特性 |
| 3.22 1 个扇贝物种的 ITS 序列比较及系统进化关系 |
| 第五章 紫扇贝和海湾扇贝正反杂交子代的分子及细胞遗传学分析 |
| 0 引言 |
| 第一节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代幼虫的 GISH 分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 试剂及仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 杂交子代的染色体构成 |
| 3.2 GISH 带型 |
| 第二节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代核糖体 ITS 及线粒体 16SrDNA 基因序列的遗传分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 ITS 序列的电泳检测 |
| 2.2 ITS 片段的序列分析 |
| 2.31 6S rDNA 片段的序列分析 |
| 3 讨论 |
| 第三节 紫扇贝和海湾扇贝杂交子代成体的遗传构成及遗传变异分析 |
| 0 引言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 AFLP 扩增带谱分析 |
| 2.2 SSR 扩增结果分析 |
| 2.3 遗传变异分析 |
| 2.4 遗传多样性分析 |
| 3 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
| 学术成果 |
（9）6种海洋动物微卫星分子标记的开发及其遗传多样性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 旗江珧、粒花冠小月螺和细角螺 3 种贝类的生物学特征及其研究进展 |
| 1.1.1 旗江珧的生物学特征 |
| 1.1.2 旗江珧的研究进展 |
| 1.1.3 粒花冠小月螺的生物学特征 |
| 1.1.4 粒花冠小月螺的研究进展 |
| 1.1.5 细角螺的的生物学特征 |
| 1.1.6 细角螺的研究进展 |
| 1.2 褐毛鲿、褐篮子鱼及褐鲳鲉三种鱼类的生物学特征及研究进展 |
| 1.2.1 褐毛鲿的生物学特征 |
| 1.2.2 褐毛鲿的研究进展 |
| 1.2.3 褐篮子鱼的生物学特征 |
| 1.2.4 褐篮子鱼研究进展 |
| 1.2.5 褐鲳鲉的生物学特征 |
| 1.2.6 褐鲳鲉的研究进展 |
| 1.3 微卫星分子标记技术及该技术在鱼类和贝类中的应用 |
| 1.3.1 微卫星与微卫星标记 |
| 1.3.2 微卫星分子标记的研究进展 |
| 1.4 其他分子标记及其在海洋动物中的应用 |
| 1.4.1 RFLP标记 |
| 1.4.2 RAPD标记 |
| 1.4.3 AFLP标记 |
| 1.4.4 SNPs标记 |
| 1.4.5 EST标记 |
| 1.5 研究目的 |
| 1.6 样本采集 |
| 1.7 研究内容 |
| 1.8 技术路线 |
| 第2章 3 种贝类微卫星分子标记的开发及其遗传多样性的研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验仪器和试剂 |
| 2.2.1 主要实验仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 引物、接头和探针序列 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 技术流程 |
| 2.3.2 CTAB抽提法提取旗江珧、粒花冠小月螺和细角螺基因组DNA和检测 |
| 2.3.3 基因组DNA酶切与连接 |
| 2.3.4 生物素探针杂交 |
| 2.3.5 磁珠富集与精制 |
| 2.3.6 微卫星精制产物PCR扩增与纯化 |
| 2.3.7 载体连接与转化克隆构建微卫星DNA文库 |
| 2.3.8 挑取阳性克隆与测序及引物设计 |
| 2.3.9 多态性微卫星引物的筛选 |
| 2.3.10 数据统计 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 基因组DNA提取结果与限制性内切酶酶切 |
| 2.4.2 微卫星精制序列PCR扩增产物检测结果 |
| 2.4.3 阳性克隆PCR扩增产物检测结果 |
| 2.4.4 微卫星序列测序结果与引物设计 |
| 2.4.5 微卫星引物多态性检测结果 |
| 2.4.6 微卫星位点的扩增 |
| 2.5 讨论 |
| 第3章 3 种鱼类微卫星分子标记的开发及其遗传多样性分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验仪器与试剂 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 本研究中3种鱼类基因组DNA的提取结果 |
| 3.2.2 3 种鱼类的基因组DNA酶切结果 |
| 3.2.3 磁珠富集精制产物的浓度检测与PCR扩增结果 |
| 3.2.4 阳性克隆检测结果 |
| 3.2.5 测序结果与引物设计 |
| 3.2.6 微卫星多态性检测结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 优化微卫星开发技术的讨论 |
| 3.3.2 3 种鱼类遗传多样性及相关遗传指标的讨论 |
| 3.3.3 本研究的结果与其他研究成果的比较与讨论 |
| 第4章 结论与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表的学术论文 |
| 在学期间即将发表的学术论文 |
（10）长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 牡蛎与长牡蛎 |
| 2 牡蛎养殖及育种 |
| 3 遗传标记的发展历程 |
| 3.1 遗传标记和分子标记 |
| 3.2 形态标记 |
| 3.3 细胞学标记 |
| 3.4 生化标记 |
| 3.5 分子标记 |
| 4 分子标记的分类 |
| 5 SNP 标记在水产动物中的应用 |
| 5.1 SNP 应用于水产动物遗传连锁图谱构建 |
| 5.2 SNP 在群体遗传学中种群进化和亲缘关系中的应用 |
| 5.3 SNP 在基因连锁不平衡、关联分析和基因功能研究方面的应用 |
| 5.4 SNP 在牡蛎生物学研究中的进展 |
| 6 SNP 标记分型检测方法 |
| 6.1 基于电泳的 SNP 检测方法 |
| 6.2 基于序列杂交的 SNP 检测方法 |
| 6.3 基于测序的 SNP 检测方法 |
| 6.4 基于等位基因特异性扩增的 SNP 检测方法 |
| 6.5 基于连接酶的 SNP 检测方法 |
| 6.6 基于酶切的 SNP 检测方法 |
| 6.7 基于分子量的飞行质谱法 |
| 7 海洋水产动物高密度遗传连锁图谱研究进展 |
| 8 HSP 蛋白研究进展 |
| 8.1 HSP 蛋白及其分类 |
| 8.2 HSP 的生物学功能 |
| 9 牡蛎近缘物种的种质鉴定 |
| 10 研究目的及意义 |
| 第二章 长牡蛎基因组多态性验证及 SNP 标记的开发 |
| 1 引言 |
| 2 长牡蛎基因组多态性验证 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验试剂 |
| 2.3 试验方法： |
| 2.4 试验结果与分析 |
| 3 长牡蛎基因组 SNP 标记开发 |
| 3.1 候选 SNP 位点获取策略 |
| 3.2 分型方法的选定 |
| 3.3 主要实验仪器及试剂耗材 |
| 3.3.1 实验主要仪器 |
| 3.3.2 主要试剂耗材 |
| 3.4 实验材料 |
| 3.5 试验方法 |
| 3.5.1 转录组测序 |
| 3.5.2 长牡蛎基因组 DNA 提取及检测 |
| 3.5.3 引物设计 |
| 3.5.4 引物筛选 |
| 3.5.5 PCR 扩增 |
| 3.5.6 HRM 检测 |
| 3.5.7 测序验证 |
| 3.5.8 分型方法通量验证 |
| 3.5.9 SNP 标记在基因组上的定位 |
| 3.6 实验结果与分析 |
| 3.6.1 转录组 RNA 提取结果 |
| 3.6.2 转录组测序数据分析 |
| 3.6.3 样品基因组 DNA 提取结果 |
| 3.6.4 引物筛选 |
| 3.6.5 HRM 分型 |
| 3.6.6 通量效率验证 |
| 3.6.7 测序验证 |
| 3.6.8 内标校正 |
| 3.6.9 SNP 标记开发以及分型效率统计 |
| 3.6.10 SNP 标记的定位 |
| 3.7 讨论 |
| 3.7.1 PCR 产物单一性 |
| 3.7.2 额外 SNP 影响 |
| 3.7.3 内标校正 |
| 3.7.4 高通量分析策略 |
| 3.7.5 HRM 方法改进 |
| 3.7.6 长牡蛎 SNP 标记的定位及意义 |
| 第三章 长牡蛎热激蛋白 HSP70 基因 SNP 标记开发及热刺激耐受相关分析 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 高温敏感性差异群体的分离 |
| 3.2 DNA 提取 |
| 3.3 长牡蛎 HSP70 基因 SNP 标记的开发 |
| 3.4 SNP 标记的群体检测 |
| 4 结果与分析 |
| 4.1 长牡蛎 HSP70 基因的获得 |
| 4.2 长牡蛎 HSP70 基因 SNP 标记的开发 |
| 4.3 热刺激敏感群组的划分 |
| 4.4 DNA 提取 |
| 4.5 SNP 标记群体检测结果与分析 |
| 4.6 讨论 |
| 第四章 长牡蛎高密度遗传连锁图谱构建 |
| 1 实验及技术背景介绍 |
| 2 实验材料 |
| 3 实验方法 |
| 3.1 样本 DNA 提取与检测 |
| 3.2 亲子鉴定引物设计 |
| 3.3 亲子鉴定引物筛选 |
| 3.4 测序仪分析 SSR 引物扩增片段 |
| 3.5 简化基因组文库构建及测序 |
| 3.6 测序数据处理 |
| 3.7 遗传图谱与基因组 Scaffold 的对应 |
| 4 实验结果与分析 |
| 4.1 DNA 提取结果 |
| 4.2 引物筛选结果检测 |
| 4.3 ABI3130 测序仪片段分析 |
| 4.4 测序数据统计 |
| 4.5 标记统计 |
| 4.6 标记编码基因型 |
| 4.7 标记类型分布统计 |
| 4.8 标记过滤 |
| 4.9 两点分析与图谱构建 |
| 4.10 图谱的参数统计 |
| 4.11 图谱标记的深度分布 |
| 4.12 图谱与基因组 Scaffold 的对应关系 |
| 5 讨论 |
| 第五章 基于 SNP 的巨蛎属近缘物种种质鉴定方法 |
| 1 引言 |
| 2 材料 |
| 3 试验方法 |
| 3.1 基因组 DNA 提取 |
| 3.2 物种鉴定依据序列的获得 |
| 3.3 巨蛎属牡蛎 COI 基因序列的比对分析 |
| 3.4 引物设计 |
| 3.5 引物筛选 |
| 3.6 PCR 扩增 |
| 3.7 HRM 分析样品制备 |
| 3.8 HRM 分析 |
| 4 实验结果与分析 |
| 4.1 基因组 DNA 提取结果 |
| 4.2 COI 基因序列测序获得与比对 |
| 4.3 引物设计 |
| 4.4 PCR 扩增结果 |
| 4.5 高分辨率熔解曲线鉴定结果与分析 |
| 4.6 未知物种鉴定 |
| 5 讨论 |
| 5.1 引物设计原则 |
| 5.2 鉴定通量 |
| 5.3 本鉴定方法的优点 |
| 第六章 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 在学期间发表和即将发表的文章 |
| 课题项目支持 |
四、几种海洋贝类基因组DNA的提取（论文参考文献）
- [1]功能化磁性纳米材料制备及其在副溶血性弧菌和儿茶酚快速检测中的应用[D]. 肖雨诗. 上海海洋大学, 2021(01)
- [2]高效非损伤性扇贝DNA提取方法的建立及效果评价[J]. 张天琦,刘平平,吕佳,马岑,黄晓文,张嘉俊,王师. 中国海洋大学学报(自然科学版), 2021(05)
- [3]双壳类软体动物贝壳DNA高效提取及方法学评价[J]. 张凤梅,连姗姗,刘思诺,胡乃娜,陈晓妹,王师. 中国海洋大学学报(自然科学版), 2020(S1)
- [4]秦皇岛近海“褐潮区”微型和微微型浮游植物种类组成与动态变化研究[D]. 陈振帆. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2019(01)
- [5]文蛤分子标记的开发及在分子遗传学中的应用[D]. 郑军红. 大连海洋大学, 2019(03)
- [6]皱纹盘鲍与绿鲍杂交分子细胞遗传学的初步研究[D]. 朱齐春. 集美大学, 2018(01)
- [7]几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计[J]. 周海波,徐继林,朱鹏,严小军. 宁波大学学报(理工版), 2013(03)
- [8]扇贝的染色体作图及系统进化分析[D]. 胡丽萍. 中国海洋大学, 2013(01)
- [9]6种海洋动物微卫星分子标记的开发及其遗传多样性的研究[D]. 李清荟. 集美大学, 2013(08)
- [10]长牡蛎基因区SNP标记规模开发及其在遗传育种研究中的应用[D]. 王家丰. 中国科学院研究生院（海洋研究所）, 2013(10)