一、现代质谱技术在天然药物结构和药物代谢物研究中的应用概述（论文文献综述）
李丽美,臧清策,张瑞萍,再帕尔·阿不力孜[1]（2021）在《基于质谱技术的代谢组学在体外药物肝毒性评价中的研究进展》文中进行了进一步梳理药物肝毒性是药物安全性评价的重要内容之一,研发早期对药物及其代谢产物潜在的肝毒性进行准确预测和评价,可以提高药物研发的成功率。将代谢组学技术与体外细胞模型相结合,以细胞代谢表型的变化为指标直接反映药物的毒性效应及毒性机制,能够改善临床前药物肝毒性的预测准确性,在药物肝毒性筛选研究中极具应用价值和发展潜力。本文综述了目前肝毒性研究中的细胞模型与培养方法,介绍了三维细胞培养模型在体外研究中的优势,并总结了基于质谱技术的代谢组学研究在体外细胞模型中的分析策略及其在药物肝毒性评价中的应用,其中基于质谱成像技术的空间分辨代谢组学方法在体外细胞模型研究中具有独特优势,有望发展成为体外肝毒性研究的有力工具。
王叙[2]（2021）在《肿瘤细胞内阿霉素代谢与作用靶点研究》文中研究表明药理学研究是药品注册的主要内容之一。随着分子药理学的发展,药物机制的解释已从认识普识性的药物基本作用、药代动力学和毒理学,向药物作用靶点的功能解析转变。本研究聚焦于药物作用靶细胞/靶器官,以临床使用数十年的抗肿瘤蒽环类药物阿霉素（ADM）为实施例,采用药物作用靶细胞为研究材料,构建分析药物作用靶蛋白和靶细胞处置药物的方法,以补充现有的药理学研究方法,快速和相对全面的认识药物的作用机制。主要研究结果如下:1.以ADM为例建立细胞内药物代谢物研究方法。经典的药代动力学可以获得机体对干预药物处置的基本信息,包括药物在机体内吸收、分布、代谢和排泄的数据,但缺乏药物作用靶细胞/靶器官对于药物处置的认识,无法解释药物分子作用的行为特征。本文以ADM作用的靶细胞-乳腺癌导管上皮细胞（MCF7）和其耐药型细胞（MCF7/ADM）为研究材料,分别体外培养添加ADM后,有机萃取细胞中的ADM及其代谢物,利用UPLC分离提取物组分,并对部分组分进行串联质谱分析。基于ADM及其代谢物在480 nm处有特征吸收,以及其母核m/z 321结构稳定的特点,选择从MCF7/ADM来源的ADM结构类似物进行多级质谱鉴定,发现了3个未见报道的ADM代谢物并推断出其化学结构。生物计算模拟比较了ADM与这些新代谢物对DNA的插入能力,发现这些代谢物与DNA的亲和力下降,这3种代谢物与ADM机体药代动力学获得的代谢物完全不同,提示ADM耐药细胞可能存在独特的药物代谢途径,ADM在其胞内代谢可能与它对干预药物作用的抵抗机制相关。2.以ADM为例建立基于蛋白质微阵列的药物靶点筛选方法研究。药物作用靶点的确认是药理学研究的重要内容,经典和反向药理学均采用从药效和毒理现象来认证药物分子作用靶点的策略,导致对药物机制的解析需要数十年或者更长的时间,且认识层面非常单一和循序渐进。本文设计并合成了生物素化ADM,借助CY5荧光基团标记的亲和素与生物素之间的超强亲和力,构建了药物分子示踪探针。在包含21000多种人类蛋白的芯片上筛选ADM结合蛋白,对获得的具有结合ADM能力的蛋白,采用ADM与生物素化ADM竞争结合反应鉴定ADM特异结合的蛋白。统计荧光信号值得出401个SNR>4.0的蛋白作为ADM的潜在作用靶点,其中包含30个SNR>10.0的高亲和力蛋白。通过方法学优化,建立了操作可行和质量可控的蛋白质微阵列的药物靶点筛选方法。3.ADM作用靶点HRAS的确认。药物分子空间结构的复杂性导致其结合靶点的非单一性已是公识,收集这些靶点蛋白的功能解释,结合药物对靶点蛋白功能影响的研究,既可从分子水平上解析药物的作用机制和潜在的治疗适应症,还可对药物的副作用做前瞻性研究,以及预测靶细胞/靶器官对药物的处置方式。本文使用GO聚类、蛋白质互作等生物信息学手段对401个ADM潜在结合蛋白进行了功能分析,发现主要集中在细胞粘附、胞内代谢和信号传导等方面,进一步研究其中的相关酶蛋白对ADM的修饰作用,有望解析靶细胞产生ADM新代谢物的机制。这些结果提示了ADM可作用于靶细胞的多种功能通路,具有多靶点的特征,远超过目前已知的ADM药物治疗作用。系统的疾病关联分析还发现,部分结合蛋白与ADM心脏毒性副作用呈高度相关性。基于结合聚类分析、蛋白互作网络和SNR值,提出具有较高信噪比的ADM结合蛋白HRAS对于ADM作用靶细胞具有重要作用。采用BLI技术获得HRAS与ADM结合的平衡解离常数KD为10.2 n M。4.阿霉素药理作用机制的新发现。基于HRAS与RAF结合来传导信号的认识,设计了体外ADM干预下的HRAS-RAF定量结合实验,发现ADM可促进HRAS-RAF复合物的生成。生物计算模拟结果也表明ADM参与形成的三元复合物结构更稳定,预测ADM的结合位点在HRAS与RAF结合点附近。以高表达HRAS的膀胱癌细胞RT4、J82为研究材料,验证了ADM通过促进HRAS与RAF结合来激活细胞增殖的相关通路,加快细胞周期进程。对比经典的ADM干扰DNA复制引发细胞周期阻滞来促进细胞凋亡的实验证据,提示ADM具有激活细胞增殖和加速细胞死亡的双向性药理作用。提出了ADM在抗肿瘤治疗过程中,既可以杀伤快速生长的肿瘤细胞,也有望促进异质性肿瘤细胞群中对药物不敏感的处于G0期的细胞进入增殖期,提升ADM的杀伤效果。本研究从靶细胞处置药物和药物作用靶点两个方面,建立了细胞内干预药物及其结合分子的研究方法,发现了新的ADM代谢物及其靶点,丰富了对ADM作用机制的认识。建立的胞内药物代谢物分析方法和基于蛋白质微阵列的药物结合蛋白筛选方法具有普适性,为药理学研究提供了新的工具。
薛灵杰[3]（2021）在《基于UPLC Q-TOF技术的TAK788体外代谢及代谢组学研究》文中认为肺癌的发病率和死亡率均居于癌症首位,其中约85%的肺癌为非小细胞肺癌（NSCLC）。对于带有驱动基因阳性的晚期NSCLC患者,分子靶向疗法则是目前最佳的治疗方法,表皮生长因子受体（EGFR）基因是目前肺癌最常见、研究最透彻的分子靶点。莫波替尼（TAK788）是由日本武田公司研发的新一代不可逆的、突变选择性的小分子EGFR抑制剂,用于治疗EGFR第20号外显子插入突变的NSCLC。目前对TAK788药物的相关报道多为针对其临床抗肿瘤活性相关的研究,本课题对其开展体外代谢及代谢组学研究,为后续的药理学实验及药物相互作用提供有益的参考。首先,本课题通过紫外、红外、核磁和高分辨质谱分析技术对实验室合成的TAK788进行结构确证分析,验证了其化学结构,并随后开展了相关稳定性的研究,考察其在氧化、强酸强碱及高温条件下的稳定性。发现该化合物具有耐酸、耐碱、耐高温的特性,但易于氧化,在药物贮存及制剂研发过程中需引起重视。其次,建立了基于UPLC Q-TOF技术的TAK788快速痕量定量分析方法,能够在10 min内检测出TAK788的含量。色谱柱选用Waters BEH C18（2.1 mm×50 mm,1.7μm）柱;流动相为乙腈（A）-水（含0.1%甲酸）（B）,梯度洗脱方法为:时间（min）:A/B（v/v）,T0:2/98,T0.1:2/98,T7:100/0,T8:100/0,T9:2/98,T10:2/98;流速为0.2 m L?min-1,柱温为40℃,检测波长范围为200～600 nm,样品室温度为6℃,进样体积为2μL;最佳的监测离子质荷比为293.7 m/z,最佳的锥孔电压为25 V,最佳的扫描时间为1 s。仪器适用性结果显示,方法分离度好,在初浓度为1.5～60μM的范围内线性关系良好,精密度RSD值为0.40%,加标回收率RSD值在1.32%～3.24%,符合定量分析要求。采用液质联用技术建立的痕量定量分析方法对TAK788进行体外代谢研究,通过体外实验表明方法专属性良好,肝微粒体中TAK788浓度经内标校正后线性关系良好,加权回归方程的相关系数（r2）均大于0.99;日内及日间精密度的相对标准偏差均小于15%;基质效应在±10%以内,提取回收率在85%以上且重复性好;在室温下放置8 h、自动进样器6℃条件下放置72 h以及-20℃冻融三次的稳定性的RSD值均在10%以内,证明所开发的UPLC Q-TOF检测符合生物样品定量分析要求。经UPLC Q-TOF检测,TAK788在SD大鼠肝微粒体中的半衰期为19.10±1.05 h,肝微粒体中固有清除率为0.0385±0.0022 m L·h-1·mg protein-1,体内固有清除率为0.0343±0.0019 m L·h-1·kg-1;在人肝微粒体中的半衰期为22.05±0.98 h,肝微粒体中固有清除率为0.0334±0.015 m L·h-1·mg protein-1,体内固有清除率为0.0163±0.0007 m L·h-1·kg-1。结果表明,TAK788在SD大鼠和人肝微粒体中的代谢时间较长,药物代谢率低。最后,基于以上数据基础,开展对TAK788在SD大鼠肝微粒体中的非靶向代谢组学研究,共鉴定出α-D-葡萄糖、L-缬氨酸、次黄嘌呤等10个潜在的生物标志物,涉及花生四烯酸代谢、糖酵解/糖异生等7条代谢通路,为TAK788后续临床试验中的药物相互作用研究及个体化药物治疗提供了参考。
何启川[4]（2021）在《基于质谱和化学计量学的相关体系过程及关联标志物鉴别研究》文中提出质谱技术具有数据量丰富、选择性高和灵敏度高等优点,可以根据检测要求选择不同的色谱分离类型。特别地,高分辨质谱具有高质量精确度、高分辨率等优点,能够对痕量组分进行筛选与确证,对复杂体系过程中成分分析具有很大的优势。针对质谱产生的海量数据提取与分析,化学计量学提供了强大的手段,解决了数据多维化、复杂化等难题。质谱技术结合化学计量学建立相关统计模型能够发掘出相关体系过程中的关键标志物,实现快速、精准的识别标志物与相关过程体系的内在关联,通过微观的标志物揭示相关过程体系中潜在的宏观问题。本论文以冻融过程及相关标志物挖掘作为研究对象。在现实情况中,由于冷链技术的不完善,冷鲜消费品,如肉类,在储存、运输、销售过程中不可避免会出现反复冻融现象。对于此类过程中目标体系内相关分子信息的微观变化及快速分析技术研究仍然存在挑战,因此,开发基于质谱和化学计量学结合技术的冻融过程的识别方法并挖掘出相关体系过程中关键标志物显得尤为重要。主要的研究如下:（1）采用超高效液相色谱-静电场轨道离子阱质谱（UHPLC/Q-Orbitrap-MS）获得新鲜和反复冻融牛肉指纹图谱信息,并结合化学计量学方法对新鲜和反复冻融牛肉进行鉴别。主成分分析（PCA）选择了前10个主要成分,解释了总方差（R2）的70.9%,其预测能力（Q2）为52.1%。PCA结果表明可以对新鲜和反复冻融牛肉进行有效区分,两个正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）中的R2、Q2均接近于1,说明模型的预测能力以及准确性较好。通过单变量分析P<0.05结合变量投影重要性分析值（VIP）寻找了用于区分新鲜和反复冻融牛肉的生物标志物。通过二级质谱数据与标准品二级质谱数据对比,鉴定出乳酸、烟酸和酪胺为冻融过程中的差异标志物。实验结果表明,基于UHPLC/Q-Orbitrap-MS结合化学计量学的方法可以用于新鲜和反复冻融牛肉有效鉴别。（2）采用智能手术刀（i Knife）结合快速蒸发电离质谱（REIMS）对新鲜和冻融牛肉脂质成分进行分析。选用特征脂质离子m/z 279.2317、m/z 281.2495、m/z 681.4830、m/z 699.5001、m/z 726.5416和m/z 863.5609对REIMS工作条件进行优化。结果表明,最佳工作条件为切割速度8 mm/s、功率输出20 W、内标流速110μL min-1,在最佳的工作条件下共检出18种脂肪酸离子和60种磷脂离子。建立PCA-LDA模型用于区分新鲜与不同冻融次数的牛肉以及对盲测样品的实时鉴定,结果表明,新鲜组与冻融一次组存在部分重叠,与其它冻融次数组有很好地区分,盲测样品的识别准确率为92-100%。OPLS-DA模型用于脂肪酸和磷脂分子之间的差异分析,筛选出m/z 279.2317（FA 18:2）,m/z 681.4830（PA O-16:0/20:4）和m/z 697.4882（PA 18:1/18:2）为牛肉在冻融过程中的差异标志物。REIMS作为一种高通量,快速、实时的质谱检测技术,可用于新鲜和反复冻融肉识别和冻融过程的研究。
刘龙婵,李依璠,张方丽,李林楠,王峥涛,杨莉[5]（2021）在《解吸电喷雾电离质谱技术在天然药物分析中的应用进展》文中指出解吸电喷雾电离质谱（desorption electrospray ionization-mass spectrometry, DESI-MS）是一种近年来新兴的原位电离质谱分析技术,其离子化过程发生于常压敞开式大气环境中,具有样品前处理简单、分析快速、检测灵敏等特点,在生物医学、药物分析、食品安全、环境监测以及材料表征等方面应用广泛。天然药物如中草药中含有种类繁复的化学组成,对其开展提取、分离鉴定和体内外药效评价,特别是针对药效显着活性成分的研究,长期受到人们的持续关注。近年来,随着DESI-MS技术的不断发展,为直接和快速分析天然药物中活性成分提供了许多新的机会。本文概述了DESI-MS技术的原理、特点、影响因素及技术进展,并系统总结了该技术在中草药及其他具有药理活性的植物样品等天然药物中的研究应用进展情况,进一步对该领域的应用前景做了展望。
翟珊[6]（2020）在《基于体外模型的五味子木脂素吸收转运及代谢研究》文中进行了进一步梳理五味子为木兰科植物五味子的干燥成熟果实,是一种滋补性中药。具有收敛固涩、益气生津、补肾宁心的功效,也可治疗健忘、失眠等症状。本论文运用了高效液相色谱和质谱联用技术,同时利用Caco-2细胞和MDCK细胞模型模拟了小肠的吸收过程,对五味子中木脂素类成分的吸收转运机制进行体外研究;利用体外肠内菌和肝微粒体代谢模型,对五味子木脂素代谢的情况进行研究。研究内容和结果如下:首先,以五味子木脂素单一化合物、五味子提取物和五味子木脂素纯化物为研究对象,应用MDCK单层细胞模型,以表观渗透系数（Papp）和溢出比（Er）为指标,对七种木脂素类成分（五味子甲素、五味子乙素、五味子丙素、五味子醇甲、五味子醇乙、五味子酯甲与五味子酯乙）的吸收转运特性进行了系统的研究。结果显示,五味子木脂素中除五味子丙素外,其它六种主要的木脂素类成分的表观渗透系数均大于1×10-6cm/s,具有良好的口服吸收作用。五味子醇甲与五味子醇乙吸收程度较好,其次为五味子酯甲与五味子酯乙,而五味子甲素与五味子乙素吸收相较于前四种木脂素类成分较差。且这六种木脂素类成分的Er值均在0.71.2之间,在胃肠道中的吸收以被动转运为主。第二,应用MDCK细胞与Caco-2细胞两种体外吸收模型,对五味子提取物和木脂素纯化物中十五种木脂素类成分的吸收转运机制进行了研究。结果显示,除戈米辛E外其他木脂素类成分均吸收较好。初步得出戈米辛D为P-糖蛋白底物,其Er值大于1.5,并通过P-糖蛋白抑制剂维拉帕米进一步证实。木脂素类成分在Caco-2细胞中相较于MDCK细胞中吸收较好,表明Caco-2细胞中的吸收载体蛋白促进了五味子中木脂素类成分的吸收。第三,应用肠内菌体外代谢模型,开展了五味子木脂素的体外代谢研究。实验通过建立了健康小鼠、健康大鼠及AD大鼠体外肠内菌代谢模型,结合液质联用技术,对五味子甲素、七种五味子混合标准品、五味子木脂素纯化物及五味子提取物的代谢物进行检测和分析。结果表明,五味子的木脂素类成分在鼠源肠内菌群中可稳定存在,肠内菌群对木脂素类成分未进行代谢。第四,本文应用肝微粒体体外代谢模型,考察五味子提取物和木脂素纯化物的体外代谢情况。通过体外的肝微粒体孵育模型,并利用UHPLC-Q-TOF-MS技术,对五味子的木脂素类成分代谢行为进行了研究。结果表明,五味子的木脂素类成分在肝微粒体P450酶系中可稳定存在未发生代谢。本文利用Caco-2细胞和MDCK两种吸收转运模型、体外肠内菌和肝微粒体代谢模型,对五味子中木脂素类成分的吸收转运机制和代谢的规律进行了系统的研究,为五味子中木脂素类成分的药效作用机制研究奠定基础,也为其临床合理应用提供了依据。
崔海博[7]（2020）在《厚朴酚在金鱼体内药物代谢动力学及代谢产物研究》文中认为厚朴酚是我国传统中药厚朴的主要活性成分之一,研究表明该化合物抗炎、抗菌、抗肿瘤等多种效用,近期报道其对草鱼呼肠孤病毒、多子小瓜虫等多种鱼类病原同样具有良好的抑制作用。由于厚朴酚的良好的生物活性且其化学结构简单使其拥有广阔的开发为新型药物的前景,而新型药物的开发在对其药效进行验证的同时离不开代谢动力学、组织分布及代谢产物的研究。但目前仅哺乳动物报道了厚朴酚的代谢动力学及代谢产物研究,水生动物未见报道,所以水生动物体内的代谢动力学、组织分布及代谢产物研究是其在水产进一步应用的必要环节。本研究建立并验证了一种用于检测金鱼血浆及各组织中厚朴酚的高效液质联用的方法,利用此方法对金鱼浸浴、注射、口服厚朴酚后的血液药物代谢动力学及肝脏、肾脏、肠道、肌肉、鳃等组织分布和代谢产物进行研究,同时运用代谢动力学结果验证金鱼口服厚朴酚抗小瓜虫感染抑制效果,为厚朴酚后续的药物开发提供依据。取得结果如下:1.色谱条件和方法学验证通过优化厚朴酚提取提取方法并对检测方法进行验证,通过对不同试剂、试剂不同比例、试剂中盐酸的不同比例等进行提取效果验证,确定在样品处理中每克组织或每毫升血清使用1 m L甲醇与乙酸乙酯提取剂（v/v7∶3）同时加入5μL盐酸时的各组织中回收率均达到85%以上且日内及日间的精密度均小于5%、各处理条件下厚朴酚的降解不会对药代动力学结果产生影响,高效液相检测时使用甲醇-水为流动相梯度洗脱出峰时间前后无干扰,说明本研究所建立的方法可准确检测厚朴酚的含量。2.厚朴酚药物代谢动力学及抗小瓜虫感染抑制效果研究（1）利用上述建立的金鱼血浆及各组织中厚朴酚检测的液质联用的方法,对分别以1.5 mg/L、30 mg/Kg、30 mg/Kg浓度浸浴、口服、注射单次给药后的金鱼体内的代谢规律、组织分布进行了测定,结果显示:三种给药方式下厚朴酚的代谢均符合一室开放模型;在浸浴给药时厚朴酚吸收与代谢缓慢,在血液中存留时间达到96 h,血液中表观分布容积为44.456 L表明厚朴酚广泛分布于金鱼血液中,在各组织中浓度情况为鳃>肾脏>肝脏>肌肉>肠道;注射给药时吸收与代谢均较快,在血液中含量较低体内存留时间仅为48 h,血液中表观分布容积为120.594 L表明厚朴酚广泛分布于金鱼各组织中,在各组织中浓度情况为肝脏>肠道>肌肉>肾脏,且肝脏中消除较慢容易富集;口服给药时血液中含量最高、消除速率最快,存留时间为72 h,血液中表观分布容积为129.438 L表明厚朴酚广泛分布于金鱼各组织中,在各组织中浓度情况为肠道>肝脏>肌肉>肾脏,在各组织中消除速率均较快不易在体内富集。（2）对口服厚朴酚进行验证,发现口服30和90 mg/Kg厚朴酚后感染小瓜虫的金鱼数量降低且每条鱼感染的小瓜虫数量均显着下降,金鱼存活率相比对照组分别提高了50%和62.5%。3.金鱼体内代谢产物检测对厚朴酚代谢产物进行研究,发现金鱼体内共检测出8种代谢产物,其中氧化还原反应产物3种,硫酸酯类化合物3种,葡萄糖醛酸结合物1种,谷氨酸结合物1种。综上所述,本研究基于建立的金鱼血浆及各组织中厚朴酚检测的液质联用的方法,对厚朴酚的代谢动力学、组织分布及代谢产物进行测定,确定了厚朴酚代谢模式符合一室开放模型,在肝脏和肾脏中容易产生富集,且共检测出8种代谢产物,抗小瓜虫感染抑制效果验证发现口服厚朴酚可抑制小瓜虫感染并提高感染金鱼的存活率。上述结果为厚朴酚的进一步开发提供了重要依据。
董喆[8]（2020）在《基于电喷雾串联质谱技术的中药作用靶点识别方法研究》文中指出研究背景中药是祖国医药宝库的重要组成部分,也是中医治疗疾病的主要物质基础和手段。中药作用靶点谱的研究是解析整个方剂作用机制的基础,也是实现中药二次开发与现代化、国际化的关键。中药可以看作是中药化学成分的组合,通过对中药化学成分的靶点预测,可实现对中药或方剂整体作用靶点预测的目的。中药化学成分的靶点研究主要包括基于生物学、生理学和药理学的实验方法和计算机辅助辨识方法两大类,通过基于生物学、生理学和药理学的实验研究来确定化合物的作用靶点具有特定的优势,但不易大规模研究,不容易得到中药的作用靶点谱。而计算机辅助方法可以很好的进行此项研究,模拟状态下实现对化合物可能的作用靶点较为全面的筛选。目前基于计算机辅助的中药靶点预测方法,主要借鉴了西药的研究思路,通过虚拟筛选原理,计算药物配体和靶点结构的结合能来实现对分子靶点的预测。但这一过程忽略了西药和中药的差别,在中药作用靶点的预测中有以下三个方面的局限性。首先,两者靶点预测的目的不同。西药的来源主要是化学合成药物,可以根据靶点结构特征来设计合成,其靶点预测的目的主要是为了设计研发新药。而中药化学成分来源于天然化学产物,其靶点预测的目的主要是为了发现识别新的功效成分,因此中药化学成分的靶点预测应该与中药的分析技术紧密结合,建立在中药分析基础上靶点预测方法才能更好地体现中药的实际作用。其次,中药中有很多未知的化学成分,如何对未知的化学成分进行靶点预测,也是急需解决的难题。第三、中药是多种化学成分组成的统一整体,必须对其多种成分进行系统的研究,才能实现对中药作用靶点的预测。这就要求我们必须建立一种中药分析基础上的靶点预测方法,以满足中药作用靶点与靶点谱的预测目的。因此,本文提出将中药分析技术和靶点预测理论结合起来,构建新的体系来完成中药作用靶点的预测工作。电喷雾串联质谱技术在中药成分分析中获得了大量研究成果。同时,数据挖掘方法由于其高效、快速、低消耗等特点在中药作用靶点的研究中也得到广泛的使用。本文以质谱检测技术和数据挖掘方法为基础,结合图数据库的使用,构建从质谱检测到靶点预测的一体化流程,实现中药作用靶点的快速、高效预测。研究目的本文根据目前中药作用靶点预测的问题,首次提出将质谱检测技术和靶点预测理论相结合,构建中药-中药化学成分-质谱分析-靶点预测一体化的中药作用靶点预测模型。通过质谱碎片信息直接预测中药的作用靶点,实现质谱检测技术和靶点预测功能的融合,为中药作用物质基础研究和新药研发提供科学依据。研究方法中药作用靶点的预测是一项复杂而艰巨的工作,是中药核心研究内容的重要组成部分,也是从分子水平揭示中药复杂作用机理和新药研究的前提。质谱技术是测定化合物质量的分析器,因其具有灵敏度高、特异性强、稳定性佳等特点,非常适用于中药成分分析,已成为中药研究的重要工具。数据挖掘方法由于其高效、快捷、低成本等特点在药物靶点预测研究中得到广泛应用,并取得了一定效果。本文基于“靶点相近的化合物具有相似的化学结构”这一基本事实与“相似的化学结构会产生相近的质谱裂解碎片”这一假设,将质谱检测技术延伸到靶点预测领域,引入质谱碎片的概念作为靶点预测的特征,构建了中药作用靶点的新型预测体系。主要研究内容包括:（1）本文通过对Chembl数据库中靶点-活性小分子数据进行整理,结合质谱模拟裂解技术CFM（Competitive-Fragmentation Modeling）对Chembl数据库中活性小分子和本实验室整理的中药化学成分进行质谱裂解碎片的模拟,使用Neo4j数据平台构建化合物-质谱碎片-靶点的图数据库。（2）采用关联规则方法进行质谱碎片组合和靶点的相关性研究,根据靶点作用分子数量的差异设置不同的支持度阈值,挖掘出不同靶点的碎片组合规则,结合实体语法系统构建靶点的模式识别体系,并应用于中药作用靶点的预测。（3）引入朴素贝叶斯的算法理论,构建基于质谱碎片概率的靶点多分类预测模型,并采用10折交叉验证对模型准确度进行评估。（4）构建从质谱检测到靶点预测的一体化流程,通过高分辨液质联用仪对枸杞子药材进行质谱数据的采集分析,选取响应强度较高的15种未知成分,使用（2）、（3）中建立的模型对其进行靶点的预测,通过数据库比对论证模型的可靠性。研究结果（1）构建基于电喷雾串联质谱技术的中药碎片和靶点关系图数据库。通过对Chembl数据库中的靶点-活性小分子关系数据、本实验室的中药-中药化学成分数据整理,采用CFM技术将化学成分按照不同的碰撞能量进行质谱裂解碎片的模拟,使用Neo4j数据平台构建以中药、化学成分、化学成分的特征质谱碎片、靶点以及他们之间相互关系为基础的CMFT（Chinese medicines Fragment Target Relationship Database）数据库。该数据库可以实现各种节点和关系信息的快速查询和获取,为下一步中药作用靶点的预测提供数据基础。（2）构建基于碎片组合的靶点模式识别体系。基于化合物的质谱碎片信息,采用关联规则算法,挖掘出不同靶点的碎片组合规则。结合实体语法系统,在Neo4j数据平台上构建了基于质谱碎片组合的靶点模式识别体系。三种碰撞能量下共得到917种靶点的碎片组合模式,实现了 CMFT数据库中中药和靶点的双向预测功能。对矮地茶药材的预测可知,该体系预测出了矮地茶已证实的4个作用靶点,适用于中药多成分、多靶点的快速预测。（3）构建基于碎片概率的靶点多分类预测模型。根据朴素贝叶斯的算法理论,构建基于质谱碎片概率的靶点多分类预测模型,通过一次计算即可完成对1026种靶点的预测工作。模型采用10折交叉验证评估,整体准确率为62.77%。同时引入分类排序概念,以准确率80%为限定条件,预测出概率排序靠前的12个靶点作为化合物的潜在靶点。通过对模型的应用可知,该模型对数据集内部的化合物预测结果良好,对外部的化合物也有一定的预测效果,适用于对中药作用靶点的预测研究,扩展了质谱分析技术到靶点预测的适用性。（4）构建从质谱检测到靶点预测的一体化流程。从质谱检测技术的角度出发,构建从质谱检测到靶点预测的一体化流程,实现了质谱检测技术和靶点预测的融合。同时,通过高分辨液质联用仪对枸杞子药材进行质谱数据的采集分析,选取响应强度较高的15种未知成分,使用（2）、（3）中建立的模型对其进行靶点的预测,阐述了未知化学成分的靶点预测过程。将预测结果与中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP,TCM Systems pharmacology database and analysis platform）中枸杞子的靶点比对,（2）中模型预测出了 5个已被证实的靶点,（3）中模型预测出了 7个已被证实的靶点,表明质谱检测技术可用于中药作用靶点的预测研究,为中药的临床应用和新药的研究提供帮助。研究结论本文建立了基于质谱碎片的活性小分子、作用靶点、中药、中药化学成分CMFT数据库,挖掘了作用靶点和碎片组合的关联关系,使用实体语法系统构建了基于碎片组合的靶点模式识别体系,实现了中药多成分、多靶点的快速双向预测。同时,应用朴素贝叶斯理论,构建了基于碎片概率的靶点多分类预测模型,可同时实现对1000余种靶点的分类排序预测。另一方面,该课题首次将质谱检测技术延伸到靶点预测领域,实现了质谱检测结果直接用于中药作用靶点的预测,也完成了对未知成分靶点预测的目标。本文的研究成果为中药研究提供了一条新的思路,将中药检测技术和作用靶点之间建立了关联性,为中药的临床应用提供了快速的指导方法,有助于从分子水平揭示中药的作用机理和新药的研发,也有助于推进中药现代化和国际化的进程。
熊凯[9]（2019）在《胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用及药代动力学研究》文中提出目的:肝纤维化是一种肝组织细胞外基质过度堆积而导致肝结构或功能异常的病理过程。中药胡黄连中含有的胡黄连苦苷Ⅰ具有利胆保肝的药理作用,有望成为抗肝纤维化的候选药物。本研究将探讨胡黄连苦苷Ⅰ是否能够抗硫代乙酰胺（TAA）诱导的肝纤维化,利用代谢组学及蛋白质组学手段探讨其作用机制;采用质谱技术研究胡黄连苦苷Ⅰ体内代谢过程和药物动力学规律。方法:1.将小鼠随机分为空白组、模型组（TAA）、阳性药物组（TAA+S-腺苷甲硫氨酸10 mg/kg）、低剂量组（TAA+胡黄连苦苷Ⅰ25 mg/kg）、中剂量组（TAA+胡黄连苦苷Ⅰ50 mg/kg）和高剂量组（TAA+胡黄连苦苷Ⅰ75mg/kg）,TAA（200mg/kg）每周腹腔注射三次,S-腺苷甲硫氨酸或胡黄连苦苷Ⅰ每天灌胃给药一次。8周后检测各组小鼠血清转氨酶及肝纤维四项指标,肝组织切片进行苏木精-伊红染色或天狼星红染色观察形态学变化。2.各组小鼠尿液、血清及肝脏样本经沉淀法处理后进行液质联用分析,所得数据经预处理后进行主成分分析和正交偏最小二乘判别分析,以VIP>1、P<0.05为条件筛选差异代谢物,利用HMDB、Metlin数据库或标准品比对鉴定差异代谢物。3.空白组、模型组、阳性药物组小鼠肝脏样本经提取、酶解、标记后进高p H反相液相色谱分离,所得馏分进入纳升液相色谱串联Q Exative质谱进行分析,质谱数据用Mascot软件实现定性定量,差异蛋白筛选条件为P<0.05且差异倍数<0.83（或>1.2）。部分重要差异蛋白利用蛋白质印迹和实时定量逆转录聚合酶链式反应手段进行验证。4.建立大鼠血浆中胡黄连苦苷Ⅰ的超高效液相串联三重四级杆质谱含量测定方法,并用于口服给药（75mg/kg）后胡黄连苦苷Ⅰ药动学研究。另外利用超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱技术检测口服给药后胡黄连苦苷Ⅰ在大鼠尿液、血清、粪便、胆汁中的代谢产物。结果:胡黄连苦苷Ⅰ能在一定程度上逆转肝纤维化引起的小鼠血清转氨酶及肝纤维四项指标（Ⅳ型胶原、Ⅲ型前胶原氨基端原肽、层粘连蛋白及透明质酸）含量升高,减少肝细胞炎症细胞浸润和胶原纤维堆积。经过胡黄连苦苷Ⅰ干预后,肝纤维化小鼠体内三羧酸循环、支链氨基酸代谢、甘油磷脂代谢被调节;上游CYP8B1上调,下游胆酸、牛磺胆酸下调;谷胱甘肽水平上调,转谷氨酰胺酶下调;上游鞘氨醇激酶2上调,下游鞘磷脂水平下调。胡黄连苦苷Ⅰ大鼠口服后吸收迅速,在30 min时即能达到峰值浓度,且消除较快。胡黄连苦苷Ⅰ在体内可检出15个代谢产物,代谢途径涉及羟化、脱氧、水解、葡萄糖醛酸化、硫酸化及甲基化。结论:胡黄连苦苷Ⅰ具有一定的抗肝纤维化作用,能逆转肝纤维化引起的能量、脂质、谷胱甘肽代谢紊乱,调节鞘氨醇信号通路、初级脂肪酸合成、PPAR信号通路。该药物在体内吸收和消除快,呈现出广泛代谢特征。
周丽屏[10]（2019）在《黄嘌呤氧化还原酶抑制剂的代谢机制及毒性预测研究》文中指出黄嘌呤氧化还原酶抑制剂能有效抑制尿酸生成,对于治疗高尿酸血症具有显着的效果。黄嘌呤氧化还原酶抑制剂的药物代谢研究不仅能够解释其在体内的转化,也能够被用来预测药物的毒性。本论文对黄嘌呤氧化还原酶抑制剂进行了药效学和代谢组学研究,并通过ProTox-II数据平台对药物及其代谢产物进行了毒性预测,从药物代谢角度对药效及安全性进行评价,对药物设计和药物改造具有指导意义。本论文研究取得了如下成果:（1）LS087药效学评价。以SPF级小鼠通过注射次黄嘌呤和氧嗪酸钾建立高尿酸血症模型,通过正常对照组、模型对照组、非布索坦给药组和LS087给药组的血清尿素氮、肌酐、尿酸水平以及肾脏、肝脏H&E、PAS、Masson染色病理结果数据对LS087进行药效学评价。结果表明非布索坦给药组（P<0.001）和LS087给药组（P<0.001）血清尿酸值较模型组显着下降,非布索坦及LS087可以降低高尿酸血症小鼠血清中尿酸水平,且效果相当。非布索坦给药组（P<0.05）和LS087给药组（P<0.01）血清尿素氮浓度水平较模型组显着下降,非布索坦及LS087均可降低高尿酸血症小鼠血清中尿素氮水平,LS087效果稍差。模型组血肌酐较正常对照组显着升高（P<0.001）,非布索坦及LS087给药组与模型组相比均无显着差异。从肾脏组织病理和生化指标考察,非布索坦及LS087均具有降尿酸效果,且在一定程度上可以改善高尿酸血症小鼠的肾小管功能。（2）非布索坦和LS087代谢产物鉴定。以10 mg/kg单次给药方式分别给予大鼠口服非布索坦和LS087建立代谢产物鉴定模型,建立了一种快速、灵敏的分离测定大鼠血清和尿液中药物及其代谢产物的UHPLC-Q-TOF/MS方法。同时建立了基于UHPLC-Q-TOF/MS方法下的药物及其代谢产物结构鉴定标准数据处理流程。利用Biotransformation Mass Defects软件对非布索坦的代谢物进行预测,并将所有可能的代谢产物分子式及精确分子量信息转化为个人化合物数据库（Personal Compound Database,PCD）,采集所得的MS1数据可以快速匹配自建PCD中可能的代谢产物。利用分子结构相关软件（Molecular Structure Correlator,MSC）计算了MS/MS断裂的可能性。通过标准数据处理流程,鉴定出非布索坦给药组大鼠血清中有4个I相和2个II相代谢产物,尿液中有7个I相和3个II相代谢产物。其中代谢物（M2,M5,M6,M7）目前尚未见报道。鉴定出LS087给药组大鼠血清中有4个I相和4个II相代谢产物,尿液中有5个I相和5个II相代谢产物。LS087所有代谢物均尚未见报道。（3）非布索坦和LS087代谢产物毒性预测。通过ProTox-II网络数据平台对非布索坦、LS087及其代谢产物毒性进行了预测,发现非布索坦及其所有代谢产物均预测具有肝毒性,其结果提示应对非布索坦及其代谢产物进行更深入的毒理学考察,对改造非布索坦化学结构及合成新型黄嘌呤氧化还原酶抑制剂的设计具有一定的指导意义。与非布索坦相比较,LS087及LS-M2,LS-M3,LS-M5,LS-M6,LS-M7,LS-M8预测不存在潜在肝毒性。虽然LS-M1、LS-M4、LS-M9和LS-M10预测仍具有潜在的肝毒性,但由于这四种代谢产物含量非常低,其总量不足1%,我们认为LS087对肝损害患者较非布索坦具有更低的风险。LS-M1和LS-M8预测具有潜在的致癌性,未来仍需开展进一步的深入研究,以确认LS087的药物安全性。但由于LS-M1和LS-M8总量不足0.1%,因此与非布索坦相比,我们认为LS087可能是一种更安全、更有效的黄嘌呤氧化还原酶抑制剂。（4）非布索坦代谢机制研究。通过高尿酸血症小鼠模型,以代谢组学的方法对非布索坦的代谢机理进行研究。通过主成分及层次聚类分析,正常对照组、模型组和给药组组内聚类好,说明模型稳定性好,组间可以完全分离,表明三组小鼠的血清代谢物谱发生了显着变化。通过数据库匹配,鉴定了16种与高尿酸血症相关的潜在生物标志物。代谢通路分析表明外源性次黄嘌呤进入小鼠体内后,嘌呤代谢被过度激活,使次黄嘌呤迅速往黄嘌呤转化,但受到非布索坦干预后,抑制了XOR的活性,使次黄嘌呤往黄嘌呤转化减弱,因此,模型对照组的次黄嘌呤显着低于非布索坦给药组,这一过程体现了非布索坦在次黄嘌呤往黄嘌呤转化阶段对XOR的显着抑制作用。研究结果为非布索坦机理的阐明及黄嘌呤氧化还原酶抑制剂药物研发提供了依据。
二、现代质谱技术在天然药物结构和药物代谢物研究中的应用概述（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、现代质谱技术在天然药物结构和药物代谢物研究中的应用概述（论文提纲范文）
（1）基于质谱技术的代谢组学在体外药物肝毒性评价中的研究进展（论文提纲范文）
| 1 药物肝毒性评价细胞模型 |
| 1.1 药物肝毒性评价的主要细胞类型 |
| 1.1.1 原代肝细胞(primary hepatocytes, PHHs) |
| 1.1.2 永生化肝细胞系 |
| 1.1.3 肝细胞样细胞(hepatocyte-like cells, HLCs) |
| 1.2 细胞模型的培养方式 |
| 2 基于质谱技术的细胞代谢组学分析方法 |
| 2.1 基于液相色谱-质谱联用技术的细胞代谢组学研究 |
| 2.1.1 样品制备 |
| 2.1.2 分析技术与方法 |
| 2.1.3 数据采集 |
| 2.1.4 数据处理与分析 |
| 2.2 基于质谱成像技术体外细胞模型的研究 |
| 3 体外药物肝毒性评价研究进展 |
| 3.1 研究肝毒性药物的生物活化过程 |
| 3.2 揭示药物肝毒性机制与发现新的生物标志物 |
| 3.2.1 脂肪变性与磷脂病变 |
| 3.2.2 氧化应激 |
| 3.2.3 胆汁积聚 |
| 4 总结与展望 |
（2）肿瘤细胞内阿霉素代谢与作用靶点研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 药理学研究路径 |
| 1.1.1 经典药理学 |
| 1.1.2 反向药理学 |
| 1.2 围绕干预药物分子的药理学研究 |
| 1.2.1 干预药物阿霉素的作用机制 |
| 1.2.2 干预药物阿霉素的代谢 |
| 1.2.3 干预药物阿霉素的耐药机制 |
| 1.3 围绕干预药物结合蛋白的研究 |
| 1.3.1 小分子药物靶点发现方法 |
| 1.3.2 生物芯片介绍 |
| 1.3.3 蛋白芯片 |
| 1.3.4 生物信息学分析 |
| 1.4 RAS的研究进展 |
| 1.4.1 RAS蛋白概述 |
| 1.4.2 RAS与肿瘤的关系 |
| 1.4.3 围绕RAS的药物开发 |
| 1.5 本论文主要研究内容 |
| 1.5.1 立题依据 |
| 1.5.2 研究基础 |
| 1.5.3 本研究的主要内容 |
| 第二章 阿霉素新代谢物的发现 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 细胞株 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 仪器及耗材 |
| 2.2.4 细胞培养 |
| 2.2.5 细胞内代谢物的提取 |
| 2.2.6 LC-MS方法 |
| 2.2.7 计算机模拟阿霉素及其代谢物与DNA间的相互作用 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 UPLC检测MCF7/ADM与 MCF7/WT细胞中阿霉素及其代谢物 |
| 2.3.2 质谱分析MCF7/ADM中的阿霉素代谢物 |
| 2.3.3 阿霉素代谢物的结构推断 |
| 2.3.4 阿霉素代谢物与DNA对接结果 |
| 2.3.5 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 蛋白芯片筛选阿霉素结合蛋白 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 蛋白芯片 |
| 3.2.2 主要试剂 |
| 3.2.3 仪器及耗材 |
| 3.2.4 生物素标记阿霉素的合成 |
| 3.2.5 生物素标记阿霉素的分离鉴定 |
| 3.2.6 蛋白芯片筛选BIO-ADM结合蛋白 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 生物素标记阿霉素的合成 |
| 3.3.2 BIO-ADM结合蛋白的芯片筛选 |
| 3.3.3 阿霉素结合蛋白功能分析 |
| 3.3.4 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 阿霉素作用靶点HRAS的筛选 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 细胞株和蛋白 |
| 4.2.2 主要试剂 |
| 4.2.3 仪器及耗材 |
| 4.2.4 阿霉素结合蛋白的生物信息学分析 |
| 4.2.5 BLI法分子间相互作用检测 |
| 4.2.6 亲和素磁珠法结合验证 |
| 4.2.7 Western blot |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 阿霉素结合蛋白分类 |
| 4.3.2 阿霉素结合蛋白聚类分析 |
| 4.3.3 阿霉素结合蛋白相互作用分析 |
| 4.3.4 亲和素磁珠法验证阿霉素与HRAS的结合 |
| 4.3.5 BLI检测阿霉素与结合蛋白相互作用 |
| 4.3.6 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 HRAS与阿霉素作用关系的研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 细胞株 |
| 5.2.2 主要试剂 |
| 5.2.3 仪器及耗材 |
| 5.2.4 阿霉素干预下的HRAS-RAF结合 |
| 5.2.5 生物计算模拟 |
| 5.2.6 细胞培养与样品准备 |
| 5.2.7 Western blot |
| 5.2.8 Quantitative PCR |
| 5.2.9 细胞周期检测 |
| 5.2.10 IC50 检测 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 阿霉素增强HRAS与 RAF结合 |
| 5.3.2 基于计算模拟的阿霉素/HRAS/RAF系统的理论分析 |
| 5.3.3 J82和RT4 携带野生型HRAS基因 |
| 5.3.4 阿霉素激活MAPK通路 |
| 5.3.5 阿霉素影响细胞周期进程 |
| 5.3.6 激活HRAS提高J82和RT4 细胞药敏性 |
| 5.3.7 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 主要结论与展望 |
| 主要结论 |
| 展望 |
| 论文创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 作者在攻读博士期间发表的论文 |
（3）基于UPLC Q-TOF技术的TAK788体外代谢及代谢组学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 非小细胞肺癌 |
| 1.1.2 非小细胞肺癌治疗方法 |
| 1.1.3 莫波替尼简介 |
| 1.2 生物样品定量分析方法的建立 |
| 1.2.1 生物样品前处理的目的 |
| 1.2.2 生物药物分析技术 |
| 1.2.3 色谱-质谱联用法 |
| 1.3 药物代谢研究 |
| 1.3.1 药物代谢研究及其在药物研发中的作用 |
| 1.3.2 药物代谢研究分类 |
| 1.3.3 代谢组学研究 |
| 1.4 TAK788 体外代谢研究及代谢组学研究的意义 |
| 第二章 TAK788 结构确证及稳定性研究 |
| 2.1 材料与仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 TAK788 结构确证方法 |
| 2.2.2 TAK788 稳定性研究方法 |
| 2.3 结果与讨论分析 |
| 2.3.1 TAK788 结构确证结果 |
| 2.3.2 TAK788 稳定性研究结果 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 UPLC Q-TOF定量分析方法的建立及仪器适用性评价 |
| 3.1 材料与仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 溶液配制 |
| 3.2.2 UPLC Q-TOF定量分析条件优化 |
| 3.2.3 仪器适用性评价 |
| 3.3 结果讨论与分析 |
| 3.3.1 UPLC Q-TOF定量分析条件优化 |
| 3.3.2 仪器适用性评价 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 TAK788 体外代谢研究 |
| 4.1 材料与仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 溶液配制 |
| 4.2.2 方法条件 |
| 4.2.3 孵育条件的优化 |
| 4.2.4 生物样品定量分析方法验证 |
| 4.2.5 体外代谢稳定性的研究 |
| 4.3 结果讨论与分析 |
| 4.3.1 孵育条件的优化 |
| 4.3.2 生物样品定量分析方法验证 |
| 4.3.3 体外代谢稳定性的研究 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 代谢组学研究 |
| 5.1 材料与仪器 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 样品制备 |
| 5.2.2 方法条件 |
| 5.2.3 数据处理 |
| 5.2.4 代谢组学分析 |
| 5.3 结果讨论与分析 |
| 5.3.1 数据处理 |
| 5.3.2 TAK788 SD大鼠体外代谢组学分析 |
| 5.4 本章小结 |
| 主要结论与展望 |
| 主要结论 |
| 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录1:作者在攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 附录2:图表 |
（4）基于质谱和化学计量学的相关体系过程及关联标志物鉴别研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 质谱简介 |
| 1.2 质谱仪结构 |
| 1.2.1 进样系统 |
| 1.2.2 离子源 |
| 1.2.3 质量分析器 |
| 1.2.4 检测器 |
| 1.3 高分辨质谱 |
| 1.3.1 傅立叶变换离子回旋共振质谱 |
| 1.3.2 飞行时间质谱 |
| 1.3.3 静电场轨道阱质谱 |
| 1.4 质谱联用技术简介 |
| 1.4.1 气相色谱-质谱联用技术 |
| 1.4.2 液相色谱-质谱联用技术 |
| 1.4.3 串联质谱 |
| 1.5 化学计量学 |
| 1.6 模式识别常用的方法 |
| 1.6.1 主成分分析 |
| 1.6.2 聚类分析 |
| 1.6.3 K-最近邻法 |
| 1.6.4 偏最小二乘法 |
| 1.6.5 线性判别分析 |
| 1.6.6 人工神经网络 |
| 1.7 质谱结合化学计量学技术相关标志物鉴别研究进展 |
| 1.8 本文内容 |
| 第2章 基于超高效液相色谱-静电场轨道离子阱质谱结合化学计量学鉴别新鲜和反复冻融牛肉 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 仪器与试剂 |
| 2.2.2 样本采集与制备 |
| 2.2.3 质控样本(QC)制备 |
| 2.2.4 色谱分析条件 |
| 2.2.5 质谱条件 |
| 2.2.6 数据处理 |
| 2.2.7 差异标志物的鉴定 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 不同冻融次数牛肉与新鲜牛肉代谢轮廓分析 |
| 2.3.2 不同冻融次数牛肉与新鲜牛肉的化学计量学分析 |
| 2.3.3 差异标志物的鉴定与筛选 |
| 2.4 结论 |
| 第3章 基于快速蒸发电离质谱结合化学计量学的方法鉴别新鲜和冻融牛肉 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 主要试剂与材料 |
| 3.2.2 仪器与设备 |
| 3.2.3 REIMS质谱条件 |
| 3.2.4 统计分析 |
| 3.3 REIMS工作条件优化 |
| 3.4 REIMS轮廓分析 |
| 3.5 脂肪酸和磷脂分析 |
| 3.6 统计分析和候选差异标志物 |
| 3.7 方法学验证 |
| 3.8 实时鉴别 |
| 3.9 REIMS方法对反复冻融羊肉的初步研究 |
| 3.10 本章总结 |
| 第4章 总结与展望 |
| 4.1 总结 |
| 4.2 今后工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间的主要科研成果 |
（5）解吸电喷雾电离质谱技术在天然药物分析中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 DESI-MS的原理、特点、影响因素及技术进展 |
| 1.1 原理及特点 |
| 1.2 影响因素 |
| 1.3 技术进展 |
| 2 DESI-MS在天然药物分析中的应用 |
| 2.1 DESI-MS分析天然药物中的活性成分 |
| 2.1.1 活性成分的定性分析及表征其空间分布 |
| 2.1.2 复杂样品中活性成分的定量分析 |
| 2.2 DESI-MS分析天然药物病理变化及污染物 |
| 2.3 DESI-MS与薄层色谱(TLC)联用分析天然药物活性成分 |
| 2.4 天然药物的DESI-MSI |
| 2.4.1 直接质谱成像 |
| 2.4.2 间接质谱成像 |
| 2.4.2. 1 间接DESI-MSI分析活性成分在天然药物中的时空分布 |
| 2.4.2. 2 间接DESI-MSI对物种进行分类学鉴定 |
| 2.4.2. 3 间接DESI-MSI分析天然药物代谢物及其相关生物合成途径 |
| 3 总结与展望 |
（6）基于体外模型的五味子木脂素吸收转运及代谢研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 五味子概述 |
| 1.1.1 五味子的化学成分 |
| 1.1.2 五味子木脂素成分的药理作用 |
| 1.1.3 五味子木脂素的提取方法 |
| 1.1.4 五味子木脂素的纯化方法 |
| 1.2 药物转运模型 |
| 1.2.1 MDCK细胞模型 |
| 1.2.2 利用MDCK细胞模型对药物转运机制的研究 |
| 1.2.3 Caco-2 细胞模型 |
| 1.2.4 利用Caco-2 细胞模型对药物转运机制的研究 |
| 1.2.5 MDCK和 Caco-2 的比较 |
| 1.3 药物代谢 |
| 1.3.1 药物代谢概论 |
| 1.3.2 肠内菌代谢在中药代谢研究中的应用 |
| 1.3.3 肝微粒体代谢在中药代谢研究中的应用 |
| 1.4 本课题研究的目的及意义 |
| 第二章 基于MDCK细胞和Caco-2 细胞模型的五味子木脂素吸收转运研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料与仪器 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.3 在MDCK和 Caco-2 细胞模型中给药浓度 |
| 2.1.4 Caco-2和MDCK单层细胞模型的跨膜转运实验 |
| 2.1.5 五味子中单体成分的碎片离子条件的优化 |
| 2.2 实验结果与讨论 |
| 2.2.1 五味子提取物及木脂素纯化物在MDCK和 Caco-2 单层细胞模型中给药浓度的确定 |
| 2.2.2 五味子木脂素成分及内标的质谱条件及保留时间 |
| 2.2.3 五味子木脂素成分的标准曲线方程 |
| 2.2.4 五味子七种木脂素类化合物在MDCK细胞跨膜转运实验结果 |
| 2.2.5 五味子木脂素类化合物在MDCK细胞跨膜转运机制研究 |
| 2.2.6 五味子木脂素类化合物在Caco-2 细胞跨膜转运机制研究 |
| 2.2.7 五味子木脂素类化合物在MDCK细胞和Caco-2 细胞的转运情况比较 |
| 2.3 结论 |
| 第三章 基于肠内菌代谢模型五味子的代谢研究 |
| 3.1 仪器与试剂 |
| 3.1.1 仪器 |
| 3.1.2 材料与试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 样品制备 |
| 3.2.2 液相条件与质谱条件 |
| 3.2.3 药物萃取剂的确定 |
| 3.3 实验结果与讨论 |
| 3.3.1 药物萃取剂的确定结果 |
| 3.3.2 五味子木脂素在健康小鼠粪便中肠内菌代谢研究 |
| 3.3.3 五味子木脂素在大鼠粪便中肠内菌代谢研究 |
| 3.4 总结 |
| 第四章 基于肝微粒体CYP450 模型五味子的代谢研究 |
| 4.1 仪器与试剂 |
| 4.1.1 仪器 |
| 4.1.2 材料与试剂 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 肝微粒体孵育反应体系 |
| 4.2.2 液相条件与质谱条件 |
| 4.3 实验结果与讨论 |
| 4.4 总结 |
| 第五章 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）厚朴酚在金鱼体内药物代谢动力学及代谢产物研究（论文提纲范文）
| 基金 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 药物代谢动力学 |
| 1.1.1 药物代谢动力学原理 |
| 1.1.2 药物代谢动力学研究方法 |
| 1.1.3 药物代谢动力学模型及参数 |
| 1.2 天然产物代谢动力学 |
| 1.2.1 天然产物代谢动力学研究进展 |
| 1.2.2 厚朴酚代谢动力学研究进展 |
| 1.3 水产动物药代动力学 |
| 1.3.1 水产药物代谢动力学的影响因素 |
| 1.3.2 水产药物代谢动力学研究现状 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 色谱条件和方法学验证 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 药品、试剂与仪器 |
| 2.1.3 厚朴酚标准溶液配制 |
| 2.1.4 样品的采集及处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 专属性验证 |
| 2.2.2 厚朴酚提取条件验证 |
| 2.2.3 标准曲线 |
| 2.2.4 回收率、精密度 |
| 2.2.5 稳定性及灵敏度测定 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 厚朴酚药物代谢动力学及组织分布研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 药品、试剂与仪器 |
| 3.1.3 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 厚朴酚在金鱼血浆中的药物代谢动力学 |
| 3.2.2 厚朴酚在金鱼各组织中的药物代谢动力学 |
| 3.2.3 口服厚朴酚抗小瓜虫感染效果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 厚朴酚在金鱼血浆中的药物代谢动力学 |
| 3.3.2 厚朴酚在金鱼组织中的药物代谢动力学 |
| 3.3.3 口服厚朴酚对小瓜虫感染抑制测定 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 厚朴酚在金鱼体内代谢产物检测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 药品、试剂及仪器 |
| 4.1.3 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 血浆中厚朴酚代谢产物鉴定 |
| 4.2.2 肝脏和肾脏中厚朴酚代谢产物鉴定 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）基于电喷雾串联质谱技术的中药作用靶点识别方法研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 靶点预测对于中药发展的重要性 |
| 1.1.2 质谱模拟碎片为中药靶点预测提供了新的思路 |
| 1.1.3 基于化学信息学的靶点预测研究 |
| 1.2 研究现状 |
| 1.2.1 中药化学成分及其质谱检测技术研究进展 |
| 1.2.2 药物作用靶点识别研究进展 |
| 1.3 本文主要思路及研究意义 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究思路 |
| 1.3.3 研究意义 |
| 第二章 基于电喷雾串联质谱技术的中药碎片和靶点关系数据库构建 |
| 2.1 数据 |
| 2.1.1 活性小分子-靶点数据的收集及过滤 |
| 2.1.2 中药-中药化学成分数据的收集及过滤 |
| 2.2 基于电喷雾串联质谱技术的化合物质谱碎片模拟 |
| 2.2.1 电喷雾串联质谱化合物裂解原理 |
| 2.2.2 基于计算模拟的化合物质谱碎片裂解 |
| 2.2.3 结果与讨论 |
| 2.3 CMFT数据库创建与应用 |
| 2.3.1 图数据库的原理 |
| 2.3.2 CMFT数据库的创建 |
| 2.3.3 结果与讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 基于质谱碎片组合的靶点模式识别体系构建 |
| 3.1 数据 |
| 3.1.1 数据来源 |
| 3.1.2 数据过滤及整理 |
| 3.2 研究方法 |
| 3.2.1 方法原理 |
| 3.2.2 关联分析在靶点模式识别体系中的应用 |
| 3.3 研究结果与讨论 |
| 3.3.1 三种碰撞能量下靶点与碎片组合模式的挖掘结果及对比分析 |
| 3.3.2 靶点模式识别体系的理论依据及过程 |
| 3.4 靶点模式识别体系构建及应用 |
| 3.4.1 理论依据 |
| 3.4.2 靶点模式识别体系的构建 |
| 3.4.3 靶点模式识别体系的应用 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 基于质谱碎片概率的靶点多分类模型构建 |
| 4.1 数据 |
| 4.1.1 数据来源 |
| 4.1.2 数据过滤及整理 |
| 4.2 研究方法 |
| 4.2.1 方法原理 |
| 4.2.2 朴素贝叶斯分类算法在靶点预测模型中的应用 |
| 4.2.3 模型的评价 |
| 4.3 研究结果与讨论 |
| 4.3.1 模型评价结果 |
| 4.3.2 靶点的预测结果 |
| 4.3.3 模型的应用 |
| 4.3.4 基于蛋白质组学技术的靶点验证与预测结果比对 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 基于质谱分析技术的中药作用靶点识别方法研究 |
| 5.1 基于质谱分析技术的中药作用靶点预测 |
| 5.2 基于质谱仪器采集的枸杞子靶点预测 |
| 5.2.1 枸杞子药材的质谱信息采集 |
| 5.2.2 枸杞子药材的模型预测结果 |
| 5.3 本章小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 局限性 |
| 6.4 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用及药代动力学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词 |
| 引言 |
| 1 研究背景和依据 |
| 2 目的意义 |
| 3 主要技术路线图 |
| 第一章 胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用药效研究 |
| 1 仪器与材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 材料 |
| 1.3 实验动物 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 动物分组 |
| 2.2 造模与给药 |
| 2.3 肝功能检测 |
| 2.4 肝纤维四项检测 |
| 2.5 组织切片 |
| 3 小结与讨论 |
| 第二章 胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用的代谢组学研究 |
| 1 仪器与材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 材料 |
| 1.3 样本 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 样品预处理 |
| 2.2 液质联用分析 |
| 2.3 数据预处理 |
| 2.4 主成分分析 |
| 2.5 正交偏最小二乘判别分析 |
| 2.6 差异代谢物 |
| 3 小结与讨论 |
| 第三章 胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用的蛋白质组学研究 |
| 1 仪器与材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 材料 |
| 1.3 样本 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 蛋白质提取、酶解和标记 |
| 2.2 高pH反相液相色谱分离 |
| 2.3 低pH纳升液质联用分析 |
| 2.4 蛋白质定性与定量分析 |
| 2.5 差异表达蛋白筛选 |
| 2.6 生物信息学分析 |
| 2.7 蛋白质印记 |
| 2.8 定量PCR |
| 2.9 组学联合 |
| 3 小结与讨论 |
| 第四章 胡黄连苦苷Ⅰ的药物代谢动力学研究 |
| 1 仪器和材料 |
| 1.1 仪器 |
| 1.2 材料 |
| 1.3 实验动物 |
| 2 方法与结果 |
| 2.1 样品采集 |
| 2.2 药动学研究 |
| 2.3 代谢产物研究 |
| 3.小结与讨论 |
| 3.1 药物动力学研究 |
| 3.2 药物代谢产物研究 |
| 总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录一 文献综述 环烯醚萜类天然药物抗肝纤维化的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录二 攻读硕士期间发表论文情况 |
| 附件 |
（10）黄嘌呤氧化还原酶抑制剂的代谢机制及毒性预测研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 高尿酸血症的危害 |
| 1.1.1 尿酸的生理功能 |
| 1.1.2 高尿酸血症相关疾病的临床研究 |
| 1.2 高尿酸血症的治疗 |
| 1.2.1 高尿酸血症成因 |
| 1.2.2 高尿酸血症治疗方案 |
| 1.2.3 新型黄嘌呤氧化还原酶抑制剂 |
| 1.3 药物代谢研究 |
| 1.3.1 药物代谢产物分析方法研究进展 |
| 1.3.2 质谱结构鉴定研究进展 |
| 1.3.3 代谢组学研究进展 |
| 1.3.4 药物代谢与药物设计 |
| 1.4 计算机辅助鉴定及预测 |
| 1.4.1 计算机辅助结构鉴定 |
| 1.4.2 计算机辅助化合物毒性预测 |
| 1.5 本论文的研究意义与研究内容 |
| 1.5.1 研究意义 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 第二章 一种新型XOR抑制剂的药效学评价 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 仪器与试剂 |
| 2.2.1 仪器设备 |
| 2.2.2 试剂材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 LS087 的合成方法 |
| 2.3.2 LS087 中间体鉴定及纯度分析方法 |
| 2.3.3 动物实验设计及标本采集方案 |
| 2.3.4 血清生化指标分析方法 |
| 2.3.5 肾脏、肝脏组织病理分析方法 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 LS087 合成及结构鉴定 |
| 2.4.2 血清生化指标分析 |
| 2.4.3 肾脏组织病理学分析 |
| 2.4.4 肝脏组织病理学分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 LS087 和非布索坦代谢产物研究及毒性预测 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 仪器与试剂 |
| 3.2.1 仪器设备 |
| 3.2.2 试剂材料 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 动物实验设计及样品采集方案 |
| 3.3.2 样品处理方法 |
| 3.3.3 分离分析方法 |
| 3.3.4 数据采集及处理方法 |
| 3.3.5 毒性预测方法 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 非布索坦代谢动力学曲线 |
| 3.4.2 LS087 代谢动力学曲线 |
| 3.4.3 非布索坦代谢产物鉴定 |
| 3.4.4 LS087 代谢产物鉴定 |
| 3.4.5 非布索坦代谢途径分析 |
| 3.4.6 LS087 代谢途径分析 |
| 3.4.7 非布索坦代谢产物毒性预测 |
| 3.4.8 LS087 代谢产物毒性预测 |
| 3.4.9 代谢产物分离鉴定标准流程建立 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 非布索坦代谢机理研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 仪器与试剂 |
| 4.2.1 仪器设备 |
| 4.2.2 试剂材料 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 动物实验设计及样品采集方案 |
| 4.3.2 血清代谢组学分析方法 |
| 4.3.3 血清脂质组学分析方法 |
| 4.3.4 数据处理方法 |
| 4.3.5 统计分析方法 |
| 4.3.6 通路分析方法 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 血清脂质组学分析 |
| 4.4.2 血清代谢组学分析 |
| 4.4.3 血清代谢组学数据库匹配 |
| 4.4.4 代谢通路分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
四、现代质谱技术在天然药物结构和药物代谢物研究中的应用概述（论文参考文献）
- [1]基于质谱技术的代谢组学在体外药物肝毒性评价中的研究进展[J]. 李丽美,臧清策,张瑞萍,再帕尔·阿不力孜. 质谱学报, 2021(05)
- [2]肿瘤细胞内阿霉素代谢与作用靶点研究[D]. 王叙. 江南大学, 2021(01)
- [3]基于UPLC Q-TOF技术的TAK788体外代谢及代谢组学研究[D]. 薛灵杰. 江南大学, 2021(01)
- [4]基于质谱和化学计量学的相关体系过程及关联标志物鉴别研究[D]. 何启川. 齐鲁工业大学, 2021(10)
- [5]解吸电喷雾电离质谱技术在天然药物分析中的应用进展[J]. 刘龙婵,李依璠,张方丽,李林楠,王峥涛,杨莉. 药学学报, 2021(08)
- [6]基于体外模型的五味子木脂素吸收转运及代谢研究[D]. 翟珊. 吉林大学, 2020(08)
- [7]厚朴酚在金鱼体内药物代谢动力学及代谢产物研究[D]. 崔海博. 西北农林科技大学, 2020(02)
- [8]基于电喷雾串联质谱技术的中药作用靶点识别方法研究[D]. 董喆. 北京中医药大学, 2020(04)
- [9]胡黄连苦苷Ⅰ抗肝纤维化作用及药代动力学研究[D]. 熊凯. 上海中医药大学, 2019(03)
- [10]黄嘌呤氧化还原酶抑制剂的代谢机制及毒性预测研究[D]. 周丽屏. 华南理工大学, 2019(01)