一、我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究（论文文献综述）
梁特[1]（2017）在《坦布苏病毒毒株间毒力差异的分子基础》文中研究表明坦布苏病毒（Tembusu virus,TMUV）感染是危害养鸭业的新发传染病,对于我国养鸭业具有重要的经济意义。迄今为止,TMUV的分子致病机制尚不清楚。本研究以毒力存在差异的TMUV分离株为材料,对决定毒株间毒力差异的关键基因和位点进行分析和鉴定,以期为阐明TMUV的分子致病机制提供数据。2014年10月,两个3～4周龄麻鸭群发生了一种以瘫痪为特征的疾病。经RT-PCR检测、病毒分离、间接免疫荧光检测和动物试验,确定致病病原为TMUV。将第3代鸭胚分离株（GL株）经脑内途径接种2日龄北京鸭,可复制出与自然病例相似的症状,在接种后3～6d雏鸭死亡率达100%。结果表明,该TMUV分离株对北京鸭雏鸭具有高致病性。为观察TMUV不同毒株的毒力差异,以2日龄北京鸭为动物模型,用PS株、Y株和GL株经脑内途径进行感染试验。结果显示,感染Y株和GL株后,雏鸭表现出严重的临床症状和组织病理变化,且死亡率分别为80%和70%。而PS株未导致雏鸭死亡,仅影响雏鸭增重,所引起的组织病理学变化也较轻微。由此可见,Y株和GL株对雏鸭的毒力显着高于PS株。基因组测序和序列比较结果显示,在非编码区,PS株分别与Y株和GL株存在3个和4个碱基差异;在聚蛋白氨基酸水平,PS株分别与Y株和GL株存在16个和19个氨基酸差异,结果提示,这些差异位点可能是决定毒株间毒力差异的分子基础。为鉴定TMUV毒力相关基因和位点,构建了PS株的反向遗传操作技术平台。用RT-PCR对PS株基因组进行了分段扩增,获得5个（称为A、B、C、D和E）基因片段,并由此构建重组质粒pBR322-AB和pBR322-BCDE。以这两个质粒为模板进行PCR扩增,并利用融合PCR方法获得PS株的全长cDNA。经体外转录,用纯化后的RNA转染BHK-21细胞,成功拯救出病毒。比较结果显示,拯救病毒在BHK-21细胞上的生长特性以及对小鼠的致病性均与亲本病毒相似,除遗传标记外,拯救病毒与亲本病毒序列一致。在上述工作基础上,以PS株基因组为骨架,分别构建了含Y株不同基因区（5’UTR、3’UTR、E 和 NS1-3’UTR）的嵌合毒株（rPSY5’UTR、rPSY3UTR、rPSYE和 rPSYNS1-3’UTR）。致病性试验结果显示,嵌合病毒rPSYE可使70%的雏鸭死亡,与Y株的毒力相近,由此可见,用Y株的E基因替换PS株的E基因,可显着提高PS株对雏鸭的致病性,提示E基因是决定TMUV PS株和Y株毒力差异的关键基因。运用定点突变技术,将PS株E蛋白304位精氨酸（R）突变为Y株E蛋白对应位置上的蛋氨酸（M）,构建了突变病毒 rPSYER304M。致病性试验结果显示,用 rPSYER304M感染2日龄北京鸭,可引起60%的死亡率,与Y株所致死亡率相似,而亲本拯救毒株rPS感染雏鸭的死亡率仅为10%。结果表明,E蛋白304位氨基酸（R/M）是决定TMUV PS株和Y株毒力差异的关键位点。
赵玉娇[2]（2016）在《登革热流行病学调查及重症登革热病理机制研究》文中认为本研究首先对中国的登革热流行病学进行系统描绘,并从GenBank数据库中筛查出所有分离自中国的登革基因序列共749条,进行进化发育分析。结果显示,自1978年至2014年间,我国共计报告登革热感染病例累计达735735例。1978年～1991年间疫情主要集中在广东省和海南省,自1991年后集中在广东、云南、浙江和福建四省,占全国感染病例的90%以上。死亡人数有507人,多数在1988年以前。感染人群的年龄分布呈扇形,集中在20～45岁之间。流行的登革毒株主要为Ⅰ型和Ⅱ型,呈交叉循环或共同感染模式。存在本地循环传播和各省跨时空循环传播交替出现的特点,也存在同一毒株的本地延续性传播。将2013年云南登革流行株全基因序列与Ⅲ型登革病毒标准株对比,确定共有62个氨基酸突变,与其亲缘关系最近的为2013年海南流行株及2002年孟加拉国流行株。2015年获得的17个登革全基因序列经内部比对,共找到217处碱基突变位点,其中非结构蛋白区域共有213处。将42个结构蛋白基因序列与Ⅱ型标准株进行比对,共发现36个氨基酸突变产生。进化分析显示,该流行株与2004年斯里兰卡流行株及2001年印度流行株属于同一进化分支。对375例登革热患者进行临床病理分析,发现患者普遍存在不同程度的炎症反应、血管渗漏和肝损伤。血清中病毒载量并不是导致重症登革热的唯一原因,NSl含量、补体的合成和消耗与重症登革热具有相关性。利用Ⅱ登革病毒及其同型别前膜蛋白prM抗体建立人全血ADE模型,发现ADE感染组病毒拷贝数高于普通感染组2.94倍,补体C3水平降低61.5%。两个登革感染组上清中均有大量C3a、C5a产生,补体C3bBb含量也明显升高,其中ADE组高于普通感染组2.6倍,而C1q含量变化不大,证明补体旁路途径过度激活是ADE感染过程中的效应机制之一。最后利用阴性分离的单核细胞建立抗体依赖增强感染体外模型。两个登革感染组上清中均有大量C3a、C5a产生,伴随IL-10的表达升高。经免疫共沉淀、质谱鉴定及Western Blot验证,证明膜辅助蛋白CD46与NS1具有相互作用。与单核细胞ADE模型共培养后免疫荧光染色检测HuVEC表面C5b-9的形成,伊红染色观察细胞骨架改变。结果ADE组HuVEC有明显的病理损伤,提示补体过度激活可能是导致血管内皮细胞损伤和血管渗漏的原因之一。综合上述研究结果,我们提出了“补体风暴”假说。即登革病毒NS1在细胞中大量复制并游离至血液中,循环迁移到全身各处。通过竞争结合补体调控因子CD46,使CD46散失或部分抑制对补体的调控作用,引起补体旁路途径过度活化,产生大量补体裂解片段,导致类似超敏反应的全身性临床症状。
马珍元[3]（2016）在《2014年深圳市1型登革病毒流行株的分子溯源及全基因组序列分析》文中指出一、背景登革热（dengue fever, DF）是由4种血清型的登革病毒（dengue virus, DENV1-4）引起的、经虫媒传播的一种急性传染病,其主要的传播媒介为白纹伊蚊及埃及伊蚊。登革热病毒感染蚊虫后,可在蚊子唾液腺中大量繁殖,通过叮咬人时将病毒传染给人。人感染任一血清型的登革病毒后,可表现为高热、头痛、肌肉和关节痛、皮疹、淋巴结肿大及白细胞减少等典型登革热的临床症状,甚至发展成为致死率很高的登革出血热（dengue hemorrhagic fever, DHF）和登革休克综合征（dengue shock syndrome, DSS） 。登革热广泛流行于全球热带及亚热带地区的100多个国家和地区,以东南亚和西太平洋地区的国家较为严重,如印度尼西亚、新加坡、泰国、越南、缅甸、印度、不丹、斯里兰卡、马尔代夫、孟加拉国等,其中以与我国接壤的东南亚国家的流行疫情最为严重,估计70%的人口面临感染登革病毒的风险,几乎每年都有登革热病例发生。近几十年来,登革热在全球的发病率明显上升,据世界卫生组织（WHO）统计,全世界40%以上的人口（约25亿）面临感染登革热及重症登革热（即登革出血热、登革休克综合征）的危险,每年全世界约有5000万～1亿新发登革热感染病例。2013年全球登革热发病估计值达到9600万例,较2012年增长了3倍。因此,监测与防控登革热已经成为一个国际公共卫生关切和亟待解决的问题。我国也是登革热的高发区,自1978年5月在广东省佛山市突然暴发登革热流行以来,几乎每年均有登革热病例报告（除外1983年、1984年和1996年）。登革热主要流行于广东、海南、广西、福建、台湾等南方及东南沿海省份,以广东省的登革热疫情最为严峻,登革病毒的4种血清型均有流行,进入21世纪以来,以登革1型病毒为主要的优势血清型。广东省的登革热表现为间断流行,有每隔4-7年发生1次流行的趋势,而且波及范围也越来越大。2002年、2006年两次较大范围流行以后,登革热的疫情获得了较好的控制,但2013年登革热在我国又出现了较大规模的流行,尤其是2014年全国再次暴发登革热大流行,发病人数及波及范围更是创近三十年以来的新高,疫情的严重程度已经引起高度关注。深圳市自成立经济特区以来,随着国内外交往和人口流动频繁,登革热发生和传播的机率大为增加。2001年报告了首例输入性登革热病例,之后不断有散在输入性病例报告,其中东南亚疫情的加重对深圳市登革热防制构成较大的威胁,深圳市连续几年的境外输入登革热病例来源均来源于东南亚或者其他热带国家。2010年深圳市福田区某建筑工地发生了十多例登革热疑似病例,经确诊为DENV-1病毒感染所致,阳帆[9]等人在分析此次登革热疫情暴发病因时,推测该起登革热疫情可能由本地登革1型病毒感染所引起,深圳可能存在登革1型病毒的疫源地,,但有待进一步探究。2011年深圳市健康人群登革热抗体水平调查也显示,健康人群登革热隐性感染较常见。2014年9月至12月,深圳市暴发了至今流行规模最大的登革热疫情,全市共报道确诊病例数454例,其中宝安区、福田区是本次疫情的重灾区。本次流行的一大特点是本地区感染病例较往年明显增加,且本地感染病例报告的时间要比2013年早,2013年的首例本地感染登革热病例时间为10月下旬,而2014年较2013年提前了1个多月。深圳位于广东南海之滨,且以外来人口为主；深圳属亚热带海洋性气候,平均气候22℃,雨量充沛,适于蚊虫滋生。因此深圳市2014年登革热疫情的暴发流行是否由本地感染引起的,即之前的登革病毒可能通过“伊蚊-人-伊蚊”的乡村型循环与隐性感染者的流动形成的城市型循环模式得以保存,并在适当条件引起2014年登革热疫情的暴发,这一结论有待进一步研究。二、研究对象深圳市宝安区人民医院2014年9-12月期间收治的登革热病例。三、研究目的对2014年9-12月深圳市登革热流行病毒株进行血清型别鉴定,了解此次登革热病原学的血清型情况；对细胞培养分离获得的登革病毒株E基因及全基因组序列,进行同源性比较和进化树分析,从分子水平上探讨2014年深圳登革病毒流行株的生物学特征,探讨其可能的来源。四、研究方法1.收集确诊登革热患者的病例资料,包括流行病学资料、临床表现、实验室检查,其中登革热病毒的血清学和核酸检测由深圳市疾控中心（CDC）完成。2.提取患者急性期血清标本中登革病毒RNA,逆转录为cDNAc经通用引物及型特异性引物二轮PCR扩增后,根据产物分子量大小确定登革病毒血清型。3.用BHK-21细胞培养分离6例1型登革病毒感染患者的急性期血清中的登革病毒。4.用Primer 3.0及DNAMAN软件设计2对1型登革病毒的E基因扩增测序引物,RT-PCR扩增6株深圳1型登革病毒全长E基因,产物经测序、拼接后,进行同源性与进化树分析。5.使用PCR DESIGN及DNAMAN软件,设计11对PCR引物,RT-PCR扩增2株1型登革病毒株全基因组序列,并对测序结果进行信息学分析。五、研究结果1.共35例患者确诊为登革热病例,本地流行病例占80.0%,而输入性病例仅占20.0%。2.21例患者经RT-nPCR检测阳性,产物经琼脂糖凝胶电泳分析后,20例出现大小为482bp的登革病毒型特异性片段,判定系登革1型病毒感染者,仅1例出现大小为119bp的登革2型病毒型特异性片段。前者本地感染及输入性感染病例数分别为16例（80.0%）和4（20.0%）,后者为输入性病例。3.用BHK-21细胞培养分离PCR阳性的6名登革1型病毒患者急性期血清标本中的登革病毒株,6份标本均出现细胞肿胀变圆、空泡结构等细胞病变效应。4.6株深圳1型登革病毒株感染患者经E基因扩增、测序,全长均为1485bp,编码495个氨基酸。6株深圳登革1型病毒分离株同源性为100.0%,其同源性与深圳2010流行株接近,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.5%、99.8%,与新加坡2009和日本2004流行株的核苷酸和氨基酸同源性最高达99.7%、100.0%。进化分析发现,深圳6株登革1型病毒均属于基因型Ⅰ型,与Shenzhen2010、Singpore2029、Japan2004的亲缘关系较近,均在同一进化支上。5.对从2例患者分离的DENV-1株进行全基因组测序,结果显示2株深圳DENV-1同源性为100.0%。深圳登革1型病毒株全长均为10735bp,编码3329个氨基酸；全基因组序列进化分析表明此病毒株为基因亚型Ⅰ毒株,与东南亚的病毒株同源性最高。与我国登革1型病毒基因亚型Ⅰ毒株GZ/80相比,深圳2014年登革1型病毒株发生了碱基变异430个,氨基酸变异42个,5’非编码区（UTR）存在1处碱基差异,形成的二级结构相同,均形成7个茎-环结构,3’UTR序列共有8处位点发生变异,前者形成了21个茎-环结构,而后者形成了24个茎-环结构。六、结论1.2014年深圳以登革1型病毒流行为主,基因亚型属Ⅰ型,且主要是本地流行；2.2014年流行于深圳市的登革1型病毒分离株,无论从E基因进化树还是全基因组序列进化树分析,均与新加坡、马来西亚等东南亚分离株同源度最高,提示此次深圳流行的登革1型病毒可能来源于东南亚一带；3.2014年6株深圳登革1型病毒分离株与2010年深圳登革1型病毒本地分离株比较发现,二者高度同源且进化距离相当接近,传播链仅时隔4年,提示此次流行的登革1型病毒与2010年流行株关系密切,并且深圳也存在登革热流行的自然与社会因素,因此我们推测2010年流行株本地化并引起2014年登革热流行的可能性,深圳有可能存在1型登革病毒疫源地；4.2014年深圳登革1型病毒分离株与GZ/80毒株存在一定的变异,二者属于同一个基因亚型。
陈柠,俞永新,徐宏山,刘欣玉,贾丽丽,董关木,李玉华[4]（2014）在《中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析》文中研究表明目的对我国广西登革3型病毒分离株桂登-1株（GD-1株）和桂登-11株（GD-11株）进行全基因组序列测定和分析,为了解其地理来源提供依据。方法根据GenBank提交的登革3型病毒基因序列设计9对引物,RT-PCR方法分段扩增GD-1和GD-11株基因序列,测序后进行拼接,得到其全基因组序列。结果两株病毒全长均为10 707nt,与国际参考株H87株核苷酸同源性为96.0%,氨基酸同源性为98.8%。GD-1株和GD-11株间仅有4个氨基酸差异,二者与H87株分别存在39和41个氨基酸差异。对3’UTR二级结构进行预测,二者与H87株存在较大差异。根据E蛋白基因序列对两株病毒进行进化分析,GD-1和GD-11均属于亚型Ⅱ,与分离自泰国的两毒株进化关系较近。结论 GD-1和GD-11均属于登革3型病毒亚型Ⅱ,二者可能是源自泰国的病原。
陈柠[5]（2013）在《中国登革Ⅲ型和Ⅳ型病毒分离株及登革Ⅳ型病毒减毒株特性研究》文中进行了进一步梳理Ban18株于1981年分离于我国西双版纳地区，将Ban18株和国际标准株H241株分别在Vero细胞和乳鼠脑内传代，用空斑法在Vero细胞单层上进行病毒滴度测定，结果表明两株病毒均对Vero细胞有致细胞病变作用，可以形成肉眼可见的空斑，病毒滴度分别为2.0×105PFU/mL和5.1×107PFU/mL。根据GenBank上已经提交的其它登革4型病毒全基因组序列，设计扩增Ban18株和H241株全基因组的引物，测定两株病毒的基因组序列，并进行比对。测序结果表明，两株病毒全长均为10664nt，含一个开放阅读框，编码3387个氨基酸，两株病毒核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为99.7%和99.4%，全基因组中共有6个核苷酸差异位点和3个氨基酸差异位点。采用E基因区段序列对两株病毒进行基因分型，两株病毒均为基因Ⅰ型。将登革4型病毒Ban18株及其在原代地鼠肾细胞上传代的减毒株（Ban18HK20和Ban18HK30株）在Vero细胞传代后进行生物学特征和基因序列特征的研究。结果表明，三株病毒均能被登革4型特异性腹水有效中和，中和指数>1000，提示三株病毒均为登革4型病毒。Ban18HK20株和Ban18HK30株在Vero细胞上形成的空斑形态较其母株大且模糊。二者对911g小鼠的脑内lg（PFU/LD50）均>4.5，而Ban18株的lg（PFU/LD50）为0.4，且二者对24日龄乳鼠的致病力也明显低于其母株Ban18株，说明表明Ban18株在传代过程中毒力逐渐减弱。将三株病毒稀释到106PFU/mL后免疫小鼠，两周后用国际标准株H241株进行脑内攻击，结果表明Ban18株和Ban18HK20株对H241脑内攻击的保护指数约为100，而Ban18HK30株对H241的脑内攻击基本没有保护作用，说明前二者的免疫原性较好。同时，为了获得毒力更低的毒株，本实验将两株减毒株Ban18HK20株和Ban18HK30株进行空斑纯化，分别挑选9个和5个空斑克隆进行空斑形态和56日龄乳鼠脑内毒力的比较，结果表明从Ban18HK20株挑选的9个克隆株中的3个毒株对乳鼠脑内毒力低于Ban18HK20原株，Ban18HK30株的5个克隆株则无明显差别。比较Ban18株及其减毒株的全基因组序列，结果表明Ban18株和Ban18HK20株有8处核苷酸差异，其中3处引起氨基酸变化，即C111位、E155位、E369位和3’UTR219位，这几位变化可能与病毒毒力密切相关，特别是E155和3’UTR216，E155位会影响E蛋白的糖基化，3’UTR216位会改变3’UTR的二级结构。桂登-1株（GD-1株）和桂登-11株（GD-11株）分离自1980年广西合浦县的登革热流行中，均为登革3型病毒。本研究将两株病毒在NIH乳鼠脑内传代两次后，病毒滴度达到3×103PFU/mL，同时将国际登革3型标准株标准株H87在乳鼠脑内传代一次，病毒滴度为2.6×105PFU/mL。前二者在Vero细胞单层上形成的空斑形态与H87株有明显差异。测定上述三株病毒的全基因组序列并进行分析，两株病毒全长均为10707nt，与H87株核苷酸同源性为96.0%，氨基酸同源性为98.8%。GD-1株和GD-11株间仅有4个氨基酸差异，二者和H87株分别存在39和41个氨基酸差异。对3’UTR二级结构进行预测，二者与H87株存在较大差异。根据E蛋白基因序列对两株病毒进行进化分析，结果表明二者均属于亚型Ⅱ，与分离自泰国的两株毒株进化关系最近。
林君芬,严菊英,陈劲华,孙继民,张严峻,傅涛,茅海燕,凌峰[6]（2010）在《一起登革Ⅲ型暴发疫情的病原学和分子特征研究》文中研究说明目的通过对病毒分离株的分子特征研究,追踪本次暴发疫情传染来源,为及时有效控制疫情提供科学依据。方法采集疑似病例血清,用荧光RT-PCR方法检测核酸,对核酸检测阳性者进行病毒分离,对分离株提取核酸,再用RT-PCR方法扩增E基因和3’非编码区（3’UTR）,测序后经BLAST比对分析其同源性,并用MEGA4.1构建遗传树进行遗传进化分析。结果 40份疑似病人血清中26份荧光RT-PCR检测阳性,分离出23株病毒,分离株的E基因序列完全一致,与其同源性最高的毒株为2004年沙特阿拉伯分离株（D3/Sandi Arabia/2004）,为99.3%,与原型株（D3/PH/H87/1956）的同源性为93.4%;分离株的3’-UTR区序列也完全一致,与其同源性最高的毒株为2003年印度分离株（D3/India/GWL-25/2003）,为99.1%,与原型株（D3/PH/H87/1956）的同源性为95.8%。E基因和3’-UTR区分别构建的进化树显示浙江登革分离株与沙特阿拉伯和印度株（D3/Sandi Arabia/2004和D3/India/GWL-25/2003）亲缘关系最近,均在登革3型G基因亚型Clade3进化支上,属于印度次大陆型。结论这是一起登革3型GⅢ基因亚型病毒引起的暴发疫情,分离株的分子特征显示本次疫情很可能是由阿拉伯或印度地区输入病例引起。
刘然[7]（2010）在《登革病毒非编码3’亚基因组RNA的鉴定与功能分析》文中研究表明登革病毒（dengue virus, DV）是重要的虫媒黄病毒（Flavivirus）,能引起人类的登革热和登革出血热。目前尚无有效的登革疫苗和抗病毒药物。登革病毒基因组为一条单股正链RNA分子,可作为信使RNA直接起始翻译,并通过其中仅有的一条长读码框（open reading frame, ORF）编码病毒所有的十种特异蛋白。病毒基因组RNA（genomic RNA, gRNA）亦可作为模板指导子代gRNA的合成,该过程遵循"gRNA——gRNA互补负链——子代gRNA"的模式。由此可见,登革病毒基因组的表达和复制都围绕着一条gRNA分子进行。因而通常认为登革病毒并不产生亚基因组RNA分子（sub-genomic RNA, sgRNA）。登革病毒基因组的表达和复制受一系列基因组顺式作用元件（cis-acting element）和反式激活因子（trans-activator）的调控。登革病毒的顺式调控元件主要位于gRNA 5’和3’端上的非编码区（non-coding region）,其中包含了多个高度保守的RNA二级结构。这些RNA结构元件能够特异性地识别病毒复制的反式激活因子,从而对病毒gRNA的翻译和复制过程进行调控。根据病毒基因组结构特征,通常认为,5’NCR的功能与gRNA的翻译有关。而3’NCR负责调控gRNA的复制。通过前期的研究,我们发现3’NCR中还存在翻译增强元件（Translation enhancement element, TE）。囿于现有的登革病毒复制模型,还不能完满地解释上述矛盾,推测在病毒基因组的复制过程中还存在其它调控机制。从进化上看,单正链RNA病毒的基因组结构特征与其采取的基因组复制调控策略存在密切的关系。值得注意是,一些单正链的RNA病毒虽然在基因组结构上与登革病毒近似,但在复制上还需要产生源于病毒基因组3’末端的亚基因组RNA分子（3’sub-genomic RNA,3’sgRNA）。利用这类3’sgRNA分子,病毒既可增强基因组3’末端基因的表达,或进一步对自身复制进行调控。但对登革病毒,目前尚无相关的研究。因此,倘若登革病毒在复制过程中确实存在类似的3’sgRNA分子,这无疑对阐明登革病毒复制调控策略具有重要的意义,并为研究登革病毒复制的分子机制提供新的思路。为此,本研究通过Northern杂交方法对登革病毒感染的细胞和组织总RNA进行了鉴定。首先根据登革四个血清型病毒基因组3’NCR序列比对结果,选定基因组3’最末端的高度保守序列作为杂交探针的靶点,利用体外转录方法制备获得地高辛标记的探针RNA分子。初步的杂交结果证实登革病毒在复制过程中确能产生一类源于基因组3’末端的亚基因组RNA分子（3’sgRNA）。进一步的杂交结果表明,从登革四个血清型病毒所感染的BHK-21细胞与乳鼠脑组织中均可检出该类3’sgRNA分子,表明它的产生是登革病毒复制中的普遍现象。同时还观察到登革2型中的一株病毒（DV2-43）能同时产生三条3’sgRNA分子的株特异性现象。在病毒感染后的不同时间点上,随着病毒gRNA复制增多,3’sgRNA在宿主细胞中也不断累积。这一现象提示3’sgRNA的产生很可能与病毒复制有关。此外,在不同组织来源的宿主细胞中,病毒3’sgRNA的生成量存在明显的差异。这提示了3’sgRNA的产生还与宿主因素存在某种关联。上述结果为阐明登革病毒3’sgRNA的产生机制和潜在的生物学功能提供了重要的线索。在此基础上,为明确登革病毒3’sgRNA产生的缘由,本研究利用5’RACE法获得了登革病毒3’sgRNA的序列信息。比对结果显示登革病毒3’sgRNA的5’端起始于病毒基因组3’NCR的内部,这表明3’sgRNA实质上是游离形式的3’NCR分子。3’sgRNA的5’起始序列高度保守,且能形成一个稳定的RNA茎环结构SL,提示该段序列可能具有启动子样功能。RNA结构预测还表明,保守序列与SL结构的茎部序列恰好吻合,说明3’sgRNA的产生与SL结构的形成有关。在细胞5’核酸外切酶XRN-1的作用下,SL结构的存在可使病毒gRNA及其模拟物VIRG分子经部分降解产生与3’sgRNA类似的RNA片段。另一方面,Western blotting结果表明,XRN-1可被BHK-21等真核细胞表达。上述结果初步表明XRN-1参与了登革病毒3’sgRNA在细胞内的生成。我们认为3’sgRNA的产生是RNA结构与宿主核酸酶类相互作用的结果,这为从分子机制上干扰3’sgRNA的产生提供了可能的靶点,并为揭示该分子的生物学功能奠定了基础。为进一步探明3’sgRNA的生物学功能,本研究通过将3’sgRNA转染细胞的方法,对3’sgRNA在病毒基因组翻译和复制中的作用进行的鉴定。我们首先利用病毒小基因组VIRG对登革病毒gRNA的翻译起始过程进行了模拟,从中观察到3’sgRNA的转染能下调VIRG报告基因的表达量。而对病毒基因组RNA的定量分析结果表明,预先转染3μg的3’sgRNA转录体,可使105个细胞中的病毒基因组RNA拷贝数上升一个数量级,并且3’sgRNA转染量与其对复制的增强作用间存在依赖性关系。登革病毒在3’sgRNA转染的细胞上能形成更多的病毒蚀斑,说明3’sgRNA不仅对gRNA翻译和复制起调节作用,它的存在也有利于病毒的增殖。为明确3’sgRNA的作用机制,本研究对3’sgRNA包含的基因组环化序列进行了突变,以求破坏3’sgRNA与病毒基因组5’端的互补结合。结果表明,突变可削弱3’sgRNA对病毒复制的增强作用,这说明3’sgRNA的调节作用依赖环化序列介导的RNA-RNA相互作用。由此我们认为登革病毒3’sgRNA是一种通过反式作用对病毒复制进行调节的非编码RNA分子。本研究首次发现登革病毒在复制中能产生一类非编码的3’sgRNA分子,并表明3’sgRNA的产生与其5’端的保守的茎环结构有密切关系,同时初步揭示3’sgRNA的产生还需要一种宿主的核酸酶类参与。在此基础上,证明了3’sgRNA分子具有调节病毒gRNA翻译和复制的功能,即说明登革病毒基因组3’NCR还可通过反式作用调控病毒的复制。上述发现为深入阐明登革病毒复制的分子机制奠定了基础。
涂增[8]（2009）在《虫媒登革病毒（Mosquito-borne dengue viruses）基因组进化与分子诊断的研究》文中研究说明昆虫媒介病毒（虫媒病毒）是一大类主要由吸血昆虫叮咬人、家畜及野生动物而传播的病毒。其特点是病毒在节肢动物媒介体内繁殖而不发病,具有自然疫源性。目前已经证实的媒介昆虫达586种,主要为蚊（300种）和蜱（116种）。虫媒病毒引起人畜共患疾病,近年来备受关注。目前国际上发现有500多种虫媒病毒,其中130余种可引起人畜共患疾病。同时,虫媒病毒可随人群流动、宿主和媒介昆虫的迁移而传播到异地。由于大部分虫媒病毒感染没有特效药物,也没有可用的疫苗,因此虫媒病毒的研究对病毒的预防与控制具有积极意义。登革病毒隶属于黄病毒属,有四个血清型（DENV-1、-2、-3和-4）,经由节肢动物白纹伊蚊（Aedesalbopictus）与埃及伊蚊（Ae.aegypti）传播,是热带、亚热带地区重要的虫媒病毒。目前登革热（Dengue Fever,DF）在超过100个国家流行,威胁着大约25亿人口,全球每年大约有5000万到1亿人受到感染,25000人死亡。由于没有有效的疫苗,病毒早期诊断与及时医疗护理显得尤为重要。我国建国后第一次登革热流行发生在1978年的广州佛山,至今登革热已经成为我国南方重要的公共卫生问题,现已是法定的传染病。系统的了解我国登革病毒三十年来分子流行病学可以阐明病毒的发生、发展,对病毒防护有指导意义。基于此,本研究以我国建国以来收集到的登革病毒为研究对象,从分子水平研究其流行与进化规律,同时开发了登革病毒的实时荧光PCR探针法诊断技术。现将研究结果总结如下:一、虫媒登革病毒的基因组进化1、基因组测定与比较实验测得收集剑的14株登革病毒的DENV-1、-2和-4的基因组全长分别为10735bp、10723bp和10649bp。DENV-1的5’和3’非编码区分别为94nt和462nt,编码区从95位开始到10272位结束,全长10179bp,编码3392个氨基酸。DENV-2的5’和3’非编码区分别为96nt和454nt,编码区从97位开始到10272位结束,全长10176bp,编码3391个氨基酸。DENV-4的5’和3’非编码区分别为101nt和384nt,编码区从102位开始到10265位结束,全长10164bp,编码3387个氨基酸。8株DENV-1（1991～2006年）全基因组核酸序列相似性在91.8%-99.7%之间,编码的氨基酸序列相似性在97.0%-99.7%之间;4株（1993～2001年）DENV-2全基因组核酸序列相似性在92.3%-98.8%之间,氨基酸序列相似性在96.5%-98.8%之间;2株（1978和1990年）DENV-4病毒株的全基因组核苷酸相似性为93.6%,编码的氨基酸序列相似性为96.0%。同一血清型间5’UTR和3’UTR序列相似性非常高,仅有几个核苷酸差异。我们比较所测的分离株单基因水平氨基酸相似性,发现虽然氨基酸相似性在不同年代、不同病毒株、不同蛋白区域没有明显规律,但总体来讲,在NS3、NS4A、NS4B、NS5蛋白的氨基酸的相似性较高,而在结构蛋白区域氨基酸相似性较低。同时发现,2002-2003、2004、2006和2007四个时间点分离株的E461位点氨基酸分别为异亮氨酸（I）、缬氨酸（V）、亮氨酸（L）、丙氨酸（A）,其疏水性参数分别为4.5、4.2、3.8和1.8,疏水性逐渐降低。病毒E蛋白C末端为E蛋白的转膜区,参与病毒与宿主的识别附着,这种疏水性变化趋势是否与病毒与人类宿主细胞相互作用的适应有关值得进一步研究。2、虫媒登革病毒基因组进化本文对1978至2006年登革热爆发时收集的细胞分离株基因组测序,结合GenBank上已经公布的病毒序列,总共获得145个外膜蛋白E基因序列和74个全基因组序列。基于外膜蛋白E基因与全长编码区序列所构建的系统发生树具有很好的一致性。结果显示:一、我国的大部分登革病毒与东南亚邻近国家的分离株系在进化树位置上更接近,暗示我国登革病毒大部分可能起源于登革病毒多发的东南亚国家,如泰国、菲律宾、印度尼西亚等:二、三种血清型（DENV-1、-2、-4）的虫媒登革病毒在基因型和分支水平具有丰富的遗传多样性,同时,血清型内大量基因重组现象发生也增加了遗传多样性的复杂程度;三、纯化选择是登革病毒进化的主要驱动力,但在病毒的非结构蛋白NS1的94氨基酸位点检测到强烈阳性选择。有趣的是,NS1蛋白94位氨基酸以亲水性及疏水性可以区分特定的进化血系。二、虫媒登革病毒的实时荧光PCR诊断1、实时荧光PCR诊断技术的建立通过生物信息学比对分析GenBank登陆的以及本文测序的登革病毒株系序列,利用PrimerPress3软件设计实时荧光PCR特异性引物及TaqMan探针,14个登革病毒培养上清提取RNA评估引物及探针的特异性、灵敏度。研究表明:本试验设计的四种型特异性引物及TaqMan探针具有特异性好（血清型间、与相近属种、人类基因组、蚊虫细胞间无交叉反应）、敏感性高（最低检测限为15-80拷贝RNA/反应）等特点,可用于诊断登革病毒感染。2、实时荧光PCR诊断技术的初步应用近年来我国南方发生的登革病毒大部分是血清1型。本文收集到2006年广州1型血清型病毒流行时64份不同病程的病人临床血清样品,评估上述建立的诊断方法的应用性。结果表明:一、本研究开发的实时荧光PCR诊断方法检测阳性率为71.9%（46/64）,而传统的免疫荧光分析法（IFA）检测的阳性率IgM为54.7%（35/64）,IgG为34.4%（22/64）,显示实时荧光PCR诊断方法具有较好的应用性;二、本文开发的实时荧光PCR诊断方法对登革热症状起始1-3天病人血清检测阳性率高达86.4%（19/22）,而IFA检测中,IgM与IgG的阳性率仅为18.2%（4/22）和9.1%（2/22）,表明此方法能在登革热症状起始后1-3天内较准确的检测病毒感染,克服了IFA检测速度慢及假阳性问题,因此在临床上可应用此方法进行登革病毒的早期快速诊断。
雷永良,陈燕飞,叶碧峰,梅建华,陈秀英,兰进权,李永芬[9]（2008）在《登革3型病毒07CHLS001株全基因组序列测定和分析》文中研究指明目的对登革3型病毒浙江分离株07CHLS001进行了全基因组序列测定和分析,为探讨其基因组特征和来源提供依据。方法根据登革3型病毒98TW407株设计22对引物,利用RT-PCR法扩增出07CHLS001株基因组不同区段的cDNA片段,通过序列测定和拼接获得其全基因组序列。结果07CHLS001株基因组全长10 707 nt,包含一个开放读码框（95-10 267 nt）,编码3 390个氨基酸。它与登革3型病毒ThD3-1687-98株、98TW407株和80-2株的全基因组序列核苷酸相似性依次为98.7%、98.5%和94.6%。prM/M-E核苷酸序列系统发生树分析表明,07CHLS001与来自泰国的5个株系形成了一个Bootstrap支持率为90%的分枝。结论07CHLS001属于登革3型病毒的亚型Ⅱ。07CHLS001株全序列的测定,对进一步研究该株系的特性有十分重要的意义。
韩剑峰,于曼,陈水平,姜涛,李晓峰,秦成峰,秦鄂德[10]（2008）在《登革1型病毒广州2006年分离株的基因组特征与进化分析》文中研究指明目的对2006年分离自广州登革热患者血清的4株登革1型病毒（GZ57/06、GZ63/06、GZ69/06和GZ128/06）进行全基因组序列测定,并同其他毒株序列进行比对分析,以了解其基因组序列特征及可能的传播来源。方法将登革1型病毒分离株基因组分为9个片段进行RT-PCR扩增,5′与3′末端序列采用RACE法扩增,扩增产物纯化后进行PCR测序。通过末端重叠序列拼接成全长病毒基因组序列,利用生物信息学软件对序列进行比对分析。结果测序获得的4株广州登革1型病毒基因组全长均为10735核苷酸（nt）,编码3393个氨基酸。5′和3′端各有一段非编码区,长度分别为94nt和462nt。4株病毒的编码区与非编码区核苷酸及氨基酸序列存在一些差异,其中GZ57/06、GZ63/06和GZ69/06毒株的基因组核苷酸和氨基酸序列同源性均在99%以上,而GZ128/06株变异较其他3株大,编码区差异尤其明显。序列比对分析表明,GZ57/06、GZ63/06和GZ69/06毒株均与泰国2001年分离毒株ThD1/0049/01和ThD1/0102/01同源性最高,而GZ128/06毒株与缅甸1998年分离毒株D1.Myanma.r31987/98同源性最高。这些新分离毒株与东南亚毒株属于同一基因型。结论新分离毒株可能来自泰国等东南亚国家和地区,不同毒株表型差异可能与其基因组特征具有密切关系。
二、我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究（论文提纲范文）
（1）坦布苏病毒毒株间毒力差异的分子基础（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 缩略词表 第一章 |
| 引言 1.1 |
| TMUV的历史概述 1.2 |
| TMUV的分类学地位 1.3 |
| TMUV的形态结构和生物学特性 1.4 |
| TMUV的基因组结构和功能 1.5 |
| TMUV的流行病学 1.6 |
| TMUV的致病性 1.7 |
| TMUV感染的检测 1.8 |
| TMUV的疫苗研究进展 1.9 |
| 反向遗传操作系统概述 1.10 |
| 黄病毒毒力分子基础的研究 1.11 |
| 本研究的目的和意义 第二章 |
| 雏鸭源TMUV的分离与鉴定 2.1 |
| 前言 2.2 |
| 材料 2.3 |
| 方法 2.4 |
| 结果 2.5 |
| 讨论 2.6 |
| 小结 第三章 |
| TMUV不同毒株对雏鸭的致病性和分子差异比较 3.1 |
| 前言 3.2 |
| 材料 3.3 |
| 方法 3.4 |
| 结果 3.5 |
| 讨论 3.6 |
| 小结 第四章 |
| TMUV |
| PS株感染性克隆的构建与病毒拯救 4.1 |
| 前言 4.2 |
| 材料 4.3 |
| 方法 4.4 |
| 结果 4.5 |
| 讨论 4.6 |
| 小结 第五章 |
| 决定PS株和Y株毒力差异的关键基因和位点的鉴定 5.1 |
| 前言 5.2 |
| 材料 5.3 |
| 方法 5.4 |
| 结果 5.5 |
| 讨论 5.6 |
| 小结 第六章 |
| 结论 第七章 |
| 创新点 参考文献 致谢 个人简历 |
（2）登革热流行病学调查及重症登革热病理机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 第一部分 登革热分子流行病学研究 |
| 前言 |
| 1 登革病毒的生物学特征 |
| 1.1 登革病毒的分子结构和基因组 |
| 1.2 登革病毒的复制和传播途径 |
| 1.3 世界范围内登革热的流行概况 |
| 2 中国历年登革热流行情况的回顾性研究 |
| 2.1 研究方法概述 |
| 2.2 中国历年登革热的地理分布 |
| 2.3 中国历年登革热的时间分布 |
| 2.4 中国历年登革热的人口分布 |
| 2.5 中国历年登革热的型别分布 |
| 2.6 中国历年登革热流行株的进化发育研究 |
| 3 云南省西双版纳州登革热分子流行病学研究 |
| 3.1 概述 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 2013年西双版纳州登革热流行病学研究 |
| 3.4 2015年西双版纳州登革热流行病学研究 |
| 讨论 第二部分 重症登革热临床病理观察 |
| 前言 |
| 1 研究背景及实验思路 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 临床研究设计及参与者招募 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 登革热血清中非结构蛋白NS1含量检测 |
| 3.2 登革热血清样本的常规血液指标检测结果 |
| 3.3 登革热血清中登革热病毒载量检测 |
| 3.4 登革热血清中免疫球蛋白IgG/IgM/IgA水平检测 |
| 3.5 登革热血清中补体C3/C4水平检测 |
| 讨论 第三部分 补体与重症登革热的相关性研究 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 白纹伊蚊细胞培养 |
| 1.2 登革病毒毒株扩增及鉴定 |
| 1.3 收获病毒液的滴度测定 |
| 1.4 人血清抗体依赖增强补体裂解模型的建立 |
| 1.5 人全血抗体依赖增强感染模型的建立 |
| 1.6 免疫比浊法测定补体C3 |
| 1.7 C3裂解产物(C3SP)C3a的定量检测 |
| 1.8 补体裂解产物C5a、C3bBb、C1q的定量检测 |
| 2 结果 |
| 2.1 登革病毒的型别鉴定 |
| 2.2 利用人血清建立抗体依赖增强补体裂解模型 |
| 2.3 利用人全血建立ADE模型 |
| 2.4 利用人全血ADE模型研究补体活化途径 |
| 讨论 第四部分 补体旁路途径过度激活导致重症登革热的病理机制研究 |
| 前言 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 人外周血淋巴细胞（PBMC）分离及培养 |
| 1.2 人外周血单核细胞初步纯化（Monocytes） |
| 1.3 美天旎MAC阴性磁珠分选人外周血单核细胞 |
| 1.4 阴性磁珠分选的人外周血单核细胞纯度鉴定 |
| 1.5 人外周血单核细胞培养条件摸索 |
| 1.6 人外周血单核细胞抗体依赖增强感染（ADE）模型的建立 |
| 1.7 C3a、C5a含量检测 |
| 1.8 ELISA法定量检测登革热血清中细胞因子IL-10含量 |
| 1.9 免疫共沉淀（Co-Immunopredpitation, Co-IP） |
| 1.10 SDS-PAGE鉴定免疫共沉淀收获液 |
| 1.11 质谱鉴定SDS-PAGE中的目标蛋白 |
| 1.12 Western Blot定性验证质谱结果 |
| 1.13 利用Transwell细胞培养皿进行单核细胞ADE模型-HuVEC共培养 |
| 1.14 免疫荧光染色检测HuVEC表面的补体膜攻击复合物C5b-9 |
| 1.15 伊红染色显示与单核细胞ADE模型共培养后HuVEC细胞骨架改变 |
| 2 结果 |
| 2.1 流式细胞术鉴定磁珠阴性分选的单核细胞纯度 |
| 2.2 单核细胞最适培养条件 |
| 2.3 利用人外周血单核细胞建立抗体依赖增强感染模型 |
| 2.4 C3a、C5a、IL-10含量检测 |
| 2.5 利用单核细胞ADE模型进行免疫共沉淀 |
| 2.6 目标蛋白的质谱鉴定 |
| 2.7 Western Blot验证质谱鉴定结果 |
| 2.8 免疫荧光染色检测HuVEC表面的补体膜攻击复合物C5b-9 |
| 2.9 伊红染色检测HuVEC的细胞骨架改变 |
| 讨论 全文总结 参考文献 附录 致谢 个人简历 |
（3）2014年深圳市1型登革病毒流行株的分子溯源及全基因组序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 2014年深圳登革病毒流行株血清型别鉴定 |
| 第一节 材料 |
| 第二节 方法 |
| 第三节 结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第五节 结论 |
| 第二章 2014年深圳市DENV-1流行株E基因型特征及分子溯源研究 |
| 第一节 材料 |
| 第二节 方法 |
| 第三节 结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第五节 结论 |
| 第三章 2014年深圳市DENV-1流行株全基因组序列分析 |
| 第一节 材料 |
| 第二节 方法 |
| 第三节 结果 |
| 第四节 讨论 |
| 第五节 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 中英文对照缩略词表 |
| 攻读学位期间成果 |
| 致谢 |
（4）中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析（论文提纲范文）
| 材料与方法 |
| 1 材料 |
| 1.1 毒种与细胞 |
| 1.2 实验动物 |
| 2 方法 |
| 2.1 病毒增殖 |
| 2.2 病毒滴度测定 |
| 2.3 PCR扩增病毒基因 |
| 2.3.1 引物设计与合成 |
| 2.3.2 病毒RNA提取 |
| 2.3.3病毒cDNA的合成 |
| 2.3.4 PCR引物设计与合成 |
| 2.3.5 序列测定与分析 |
| 结果 |
| 1病毒滴度 |
| 2目的基因PCR扩增 |
| 3 GD-1和GD-11株序列特征分析 |
| 3.1 GD-1和GD-11株基因组结构特征 |
| 3.2 两株病毒与H87株同源性分析 |
| 3.3 GD-1和GD-11与H87株的差异位点 |
| 3.4 系统进化分析 |
| 讨论 |
（5）中国登革Ⅲ型和Ⅳ型病毒分离株及登革Ⅳ型病毒减毒株特性研究（论文提纲范文）
| 第一部分 我国云南分离株（Ban18）与国际登革 4 型标准株（H241 株）的生物学特性和全基因组序列比较研究 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 实验结果 |
| 1 Ban18 株和 H241 株的生物学特征比较 |
| 1.1 病毒滴度 |
| 1.2 两株病毒特异性鉴定 |
| 1.3 两株病毒脑内致病力比较 |
| 2 Ban18 株和 H241 株全基因序列分析 |
| 2.1 PCR 扩增结果 |
| 2.2 H241 株和 Ban18 株的全序列比较 |
| 2.3 Ban18 株与国内外其它登革 4 型病毒的序列比较 |
| 2.4 Ban18 株系统进化分析 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 第二部分 云南登革 4 型版 18 株病毒减毒株的生物学特性和基因全序列研究 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 实验结果 |
| 1 生物学特性 |
| 1.1 Ban18 减毒株与其母株在 Vero 细胞上的生长曲线 |
| 1.2 Ban18 减毒株与其母株在 Vero 细胞上空斑形成特征 |
| 1.3 登革 4 型特异性血清对三株病毒的中和抑制作用 |
| 1.4 三株病毒对小鼠的脑内致病力 |
| 1.5 三株病毒的免疫原性比较 |
| 1.6 Ban HK20 株和 Ban18 HK30 株各空斑克隆的生物学特征 |
| 2 Ban18 减毒株与其母株的全基因序列比较 |
| 2.1 两株病毒 PCR 扩增结果 |
| 2.2 Ban18 减毒株与其母株的全基因序列比较 |
| 讨论 |
| 1 生物学特征研究 |
| 2 基因序列特征分析 |
| 参考文献 |
| 第三部分 中国广西登革 3 型病毒分离株与国际 DEN-3 标准株的生物学和基因特征研究 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 1 实验材料 |
| 2 实验方法 |
| 实验结果 |
| 1 病毒滴度和空斑形态 |
| 2 PCR 扩增结果 |
| 3 GD-1 株和 GD-11 株序列特征分析 |
| 3.1 GD-1 株和 GD-11 株基因组结构特征 |
| 3.2 两株病毒与国际标准株 H87 株同源性分析 |
| 3.3 两株病毒与 H87 株的差异位点 |
| 3.4 两株病毒系统进化分析 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 登革病毒减毒疫苗研究进展 |
| 1 传统减毒疫苗 |
| 2 新型减毒疫苗 |
| 3 总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）登革病毒非编码3’亚基因组RNA的鉴定与功能分析（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 中文摘要 Abstract 前言 第一部分 |
| 登革病毒非编码3’亚基因组RNA的鉴定 1. |
| 材料和方法 2. |
| 结果 3. |
| 讨论 第二部分 |
| 登革病毒非编码3’亚基因组RNA产生机制的分析 1. |
| 材料和方法 2. |
| 结果 3. |
| 讨论 第三部分 |
| 登革病毒非编码3’亚基因组RNA的功能研究 1. |
| 材料和方法 2. |
| 结果 3. |
| 讨论 总结 参考文献 附录一 |
| 登革1型病毒广州06株基因组全长感染性克隆的构建与鉴定 参考文献 附录二 |
| 登革病毒单轮感染颗粒的制备与鉴定(摘要) 综述 |
| 虫媒黄病毒基因组RNA元件在病毒复制中的调控功能 参考文献 论文 |
| Identification |
| and |
| characterization |
| of |
| small |
| sub-genomic |
| RNAs |
| indengue |
| 1-4 |
| virus-infected |
| cell |
| cultures |
| and |
| tissues 个人简历 致谢 |
（8）虫媒登革病毒（Mosquito-borne dengue viruses）基因组进化与分子诊断的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 虫媒病毒及登革热 |
| 1.2 登革病毒的基因组结构 |
| 1.2.1 结构蛋白区 |
| 1.2.2 非结构蛋白区(NS) |
| 1.2.3 5'和3'非翻译区(5'UTR和3'UTR) |
| 1.3 登革病毒传播与复制 |
| 1.4 登革病毒的实验室诊断 |
| 1.4.1 病毒分离鉴定 |
| 1.4.2 血清学诊断 |
| 1.4.3 PCR检测 |
| 1.4.4 等温核酸扩增技术 |
| 1.4.5 实验室诊断的展望 |
| 1.5 登革热流行病学与分子进化 |
| 1.5.1 登革热的起源 |
| 1.5.2 登革病毒的流行传播 |
| 1.5.3 登革病毒的遗传多样性 |
| 1.5.4 中国登革病毒流行 |
| 1.6 登革热流行病学控制 |
| 第二章 引言 |
| 2.1 研究目的及意义 |
| 2.2 主要研究内容 |
| 2.3 研究路线 |
| 第三章 登革病毒基因组测序及分子进化研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 登革病毒株基因组序列测定 |
| 3.2.2 基于E蛋白基因的分子流行病学 |
| 3.2.3 全长编码区的系统发生树 |
| 3.2.4 重组检测 |
| 3.2.5 中国分离株系的选择压力 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 登革病毒实时荧光PCR检测技术的建立与应用 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 DENV细胞培养上清初步评估各型检测效果 |
| 4.2.2 DENV细胞培养上清检测各型交叉情况 |
| 4.2.3 DENV-1、-2、-3、-4、-a对人基因组和相近种属病毒的交叉实验 |
| 4.2.4 DENV-1、-2、-3、-4、-a引物探针标准曲线的确定 |
| 4.2.5 临床血清样品评估引物探针效果 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 虫媒登革病毒的基因组进化 |
| 5.1.1 基因组测定及比较 |
| 5.1.2 虫媒登革病毒的基因组进化 |
| 5.2 虫媒登革病毒的实时荧光PCR诊断 |
| 5.2.1 实时荧光PCR诊断技术的建立 |
| 5.2.2 实时荧光PCR诊断技术的初步应用 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的文章 |
（9）登革3型病毒07CHLS001株全基因组序列测定和分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 病人血清与病毒RNA提取 |
| 1.1.1 病人血清: |
| 1.1.2 病毒RNA提取: |
| 1.2 引物设计(3'端测序引物和全序列测定引物) |
| 1.3 RT-PCR |
| 1.3.1第一链cDNA合成: |
| 1.3.2 PCR反应: |
| 1.4 序列测定与分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 基因组整体结构 |
| 2.2 全基因组结构序列相似性 |
| 2.3 prM/M-E进化树分析 |
| 3 讨论 |
（10）登革1型病毒广州2006年分离株的基因组特征与进化分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 病毒株 |
| 1.2 常用试剂 |
| 1.3 总RNA提取 |
| 1.4 引物 |
| 1.5 RT-PCR扩增 |
| 1.6 5′和3′端RACE扩增 |
| 1.7 扩增产物测序与拼接 |
| 1.8 非编码区RNA二级结构预测 |
| 1.9 序列比对与进化分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 新分离广州登革1型病毒基因组全序列测定及基本特征 |
| 2.2 新分离登革1型病毒基因组序列间差异比较 |
| 2.3 非编码区二级结构分析 |
| 2.4 同源性与进化分析 |
| 3 讨论 |
四、我国登革3型病毒广西株基因组非编码区结构特征的研究（论文参考文献）
- [1]坦布苏病毒毒株间毒力差异的分子基础[D]. 梁特. 中国农业大学, 2017(08)
- [2]登革热流行病学调查及重症登革热病理机制研究[D]. 赵玉娇. 北京协和医学院, 2016(01)
- [3]2014年深圳市1型登革病毒流行株的分子溯源及全基因组序列分析[D]. 马珍元. 南方医科大学, 2016(02)
- [4]中国广西登革3型病毒分离株基因组序列特征分析[J]. 陈柠,俞永新,徐宏山,刘欣玉,贾丽丽,董关木,李玉华. 中国病原生物学杂志, 2014(05)
- [5]中国登革Ⅲ型和Ⅳ型病毒分离株及登革Ⅳ型病毒减毒株特性研究[D]. 陈柠. 中国食品药品检定研究院, 2013(03)
- [6]一起登革Ⅲ型暴发疫情的病原学和分子特征研究[A]. 林君芬,严菊英,陈劲华,孙继民,张严峻,傅涛,茅海燕,凌峰. 华东地区第十次流行病学学术会议暨华东地区流行病学学术会议20周年庆典论文汇编, 2010
- [7]登革病毒非编码3’亚基因组RNA的鉴定与功能分析[D]. 刘然. 中国人民解放军军事医学科学院, 2010(02)
- [8]虫媒登革病毒（Mosquito-borne dengue viruses）基因组进化与分子诊断的研究[D]. 涂增. 西南大学, 2009(12)
- [9]登革3型病毒07CHLS001株全基因组序列测定和分析[J]. 雷永良,陈燕飞,叶碧峰,梅建华,陈秀英,兰进权,李永芬. 中国预防医学杂志, 2008(11)
- [10]登革1型病毒广州2006年分离株的基因组特征与进化分析[J]. 韩剑峰,于曼,陈水平,姜涛,李晓峰,秦成峰,秦鄂德. 解放军医学杂志, 2008(09)
标签：基因组论文; 登革热论文; 全基因组关联分析论文; 基因合成论文; 全基因组测序论文;